EC/通販業界のシステム開発の完全ガイド

EC/通販のシステム開発は、注文から返品までの業務全体を支える仕組みを作ることです。販売、在庫、物流をつなぎ、顧客対応や決済もその流れに含めます。

システムの構成と年商別の投資、開発の進め方、費用の目安を押さえると、見通しが立ちます。各テーマの詳細は関連記事もご覧ください。

Webサービス開発の種類・工程・費用・会社選定までの全体像については、無料ホワイトペーパー「Webサービス開発の完全ガイドブック」で詳しく解説しています。

EC/通販業界のシステム開発の概要

EC/通販システムは、ネットショップの画面だけを指すものではありません。商品を見つけて購入し、決済後に商品が届き、返品や問い合わせを経て次の購入につながる流れ全体を支えます。

市場拡大による「部分最適」から「業務全体の接続」への移行

ECを立ち上げたばかりの時期は、SaaS型カートと表計算ソフト、手作業の出荷でも運営できます。ただし、市場の拡大に伴い、チャネル間の在庫差異と注文増加への備えが課題になります。

• 在庫の分断：受注が増えると、モール、自社サイト、実店舗、複数の倉庫で在庫が分かれ、商品の引き当てが競合します。
• 売り越し：店舗で売れた分をEC在庫に反映できないと、在庫切れの商品を売ってしまい、注文のキャンセルが起きます。

在庫の食い違いや売り越しを防ぐには、業務全体をつなぎ、出荷作業が特定の担当者に頼らない設計にする必要があります。

2024年の国内BtoC-EC市場規模は26.1兆円、EC化率は9.8％でした（出典: 経済産業省「令和6年度電子商取引に関する市場調査」、2025年）。同じ調査では、2024年のBtoC-EC市場が前年比5.1％増、BtoB-EC市場が514.4兆円で前年比10.6％増でした（出典: 経済産業省「令和6年度電子商取引に関する市場調査」、2025年）。

受注量やチャネル数が増えても崩れない業務設計が求められます。

システム化で解決できる代表的な課題

在庫更新や受注登録は担当者ごとに分かれやすく、作業どうしのつながりが切れていないかを見ることが出発点になります。

• 手作業：短期的には融通が利きますが、繁忙期には処理が滞り、担当者の休みで止まることもあります。
• 業務連携：OMSで注文を集め、WMSに出荷指示を送り、出荷実績を在庫と会計に戻せば、作業時間と入力ミスを減らせます。
• 例外処理：本部の標準運用だけで要件を決めると失敗しやすいので、店舗の値引きや取り置き、返品保留、棚卸差異などの例外を洗い出し、責任範囲を決めます。

EC/通販システムの種類と構成要素

EC/通販の仕組みは、販売機能を持つフロントと、業務機能を持つバックエンドに分けると整理できます。標準化しやすい領域はSaaSを使い、独自性が売上や現場品質に直結する領域は連携開発する方法もあります。

カート・モール・店舗POS

顧客が購入する接点から店舗販売まで、フロント機能はチャネルごとに役割が異なります。

• カート：商品の表示や会員登録、注文の受付、カゴの管理を担います。
• モール：商品情報や在庫、受注の情報を、配送伝票やキャンセル状態と合わせて同期します。
• POS：実店舗での売上と在庫を記録します。

ShopifyなどのSaaS型カートは導入が早く、標準機能も使いやすい点が強みです。ただし、古い基幹システムや独自の価格計算とつなぐには、API設計が必要です。

また、楽天市場やAmazonなどのモールを加える場合は、前述の同期を、チャネルごとに行います。

ECと店舗の会員IDやポイント、会員ランクを一つにまとめると、OMOの施策を実行できます。ただし、通常価格からセール、会員、店舗限定までの価格の優先順位を先に決めておかないと、価格が食い違ってしまいます。

商品マスタでは、SKUや色・サイズなどの商品情報について、どのシステムを正本にするかを決めます。

OMS・WMS・CRM・決済・物流連携

バックエンドは、受注から出荷、顧客対応、決済までをつなぎます。各機能がどこまでを受け持つかを踏まえて、連携方法を決めます。

• OMS：注文の集約から在庫の引き当て、出荷先の振り分け、キャンセルの管理までを担います。
• WMS：倉庫の入荷から出荷までを管理し、棚入れやピッキング、検品、梱包も含みます。
• CRM・MA：購買履歴をもとに、セグメント配信やカゴ落ちメールを行います。
• 支払処理：代行サービスの利用、返金、継続課金を扱い、チャージバックや不正検知も含みます。

OMSとWMSを連携すると、受注から出荷までの転記が減り、出荷指示を自動で出せます。

LOGILESSのように両機能を一体で扱うサービスや、月額料金と出荷件数に応じた従量課金を組み合わせるサービスもあります。

CRMやMAでは、レコメンドやLINE通知も扱います。また、決済は要件に含め、初期の段階から確認します。

経済産業省は、原則としてすべてのEC加盟店に対し、2025年3月末までのEMV 3-Dセキュア導入を促していました（出典: 経済産業省「クレジットカード・セキュリティガイドライン5.0版」、2024年）。

年商規模別のECシステム投資ロードマップ

投資額は、企業規模だけでなく、注文数やSKU数、チャネル、倉庫・店舗数などによって決まります。独自業務の複雑さも加わります。

判断の起点として、年商1億円、10億円、30〜100億円の三つの段階で考えます。年商は目安にすぎません。そのため、急成長中の事業では、一段先の構成を先に用意する場合もあります。

年商1億円前後はSaaS活用と業務標準化

年商1億円前後は、標準機能を活用しながら手作業を減らす段階です。モールが一つか二つで倉庫も一拠点なら、商品マスタと在庫の正本を一つに決めておきます。

• 連携：SaaS型カートと受注・在庫管理のツール、会計ソフトをつなぎます。
• 計測：出荷件数や返品率、欠品率、問い合わせ件数を、毎月の数字として追います。

フルスクラッチより標準機能を使ったほうが、投資対効果を出しやすい場合があります。さらに、ボトルネックを数字で押さえておくと、次のOMSやWMSの導入を過剰投資にせず判断できます。

年商10億円前後はOMS・WMSと店舗EC統合

年商10億円前後では、複数のモールや自社サイト、店舗をまとめて管理し、複数の配送パターンにも対応する必要が高まります。構成と見積もりは、業務の連携から店舗、費用まで分けて考えます。

• 業務連携：OMSで注文を集め、WMSで倉庫作業を標準化します。
• 店舗連携：POSと在庫の情報をつなぎます。
• 費用確認：従量課金や端末のレンタル料、API連携の費用も見積もっておきます。

店舗や倉庫の在庫は、EC販売可能な数を中心に、予約や引当、不良の状態を分けて持つと、売り越しや欠品の原因を追いやすくなります。在庫を「あり・なし」だけで管理すると、取り置きや検品待ちの商品が販売可能数に混ざってしまいます。

年商30〜100億円は基幹連携と拡張性への投資

年商30〜100億円では、商品や仕入から販売、会計、物流までの基幹連携が論点になります。さらに、複数倉庫の引き当てや複雑な販促価格、ブランドや事業部をまたぐ顧客統合も検討します。

• 段階移行：販売と物流を止めないよう、刷新を段階に分けて進めます。
• 疎結合化：APIやデータ基盤を介して、システム同士をつなぎます。
• 統制：権限の設定と監査ログを整備します。

越境ECでは、多言語・多通貨や税・関税への対応が必要になるほか、海外配送や現地返品、決済通貨の為替差損も扱います。また、サブスクでは、再請求やスキップ、同梱物、休止・解約を、注文と物流の両方で処理します。

次の成長段階を見据え、後から追加できないデータ項目を先に決めておきます。

EC/通販システム開発の進め方

ECシステム開発では、画面の見た目より先に、データと業務の流れを決めておく必要があります。在庫や価格、注文や返品の状態が変わると周辺システムにも影響が及ぶため、現場の聞き取りと小さな検証を早い段階で行います。

要件定義での在庫・価格・例外処理の決め方

要件定義では、現場の販売条件や例外を、システム間でどう扱うかを先に言葉にしておきます。

• 業務規模：販売チャネル、SKUや注文数、倉庫・店舗数を一覧にします。
• 在庫：店舗や倉庫、ECの在庫について、予約や引当、不良を含めて、どのシステムが持つかを決めます。
• 価格：通常価格を基本に、セールや会員、店舗限定、クーポン、ポイントを、どの順で適用するかを定めます。
• 返品・交換：出荷停止から返送の受付、検品、在庫戻し、返金、顧客通知まで、状態の移り変わりを設計します。

同じ商品が店舗とECで同時に買われた場合に備えて、引当の競合や優先順位も決めておきます。サブスクでは、チラシやサンプルを顧客のセグメントごとに指定できるかも確かめます。

設計・開発・連携テストの段階的な進め方

設計から受入テストまでは、データ連携と実際の業務を順に検証します。SaaSは費用を抑えやすい一方、個別の改修が積み重なるとその安さが相殺されるため、仕様変更への対応も確かめます。

1. 商品や顧客、注文などのデータ項目と、連携方式を定めます。
2. API認証や呼び出し制限、エラー時の再送、モールの仕様変更への対応を確認します。
3. 注文から出荷、キャンセル、返品、返金、在庫戻しまでを通したシナリオテストを行います。
4. セール初日や欠品、決済の失敗、配送先の変更、店舗の取り置きなどを検証します。
5. 現場の担当者が実際に操作する受入テストを行います。

実データに近い条件を用意し、通常とは異なるケースも試します。単体テストだけで区切ると、例外の扱いが抜けやすくなります。

リリース後の運用と改善の設計

リリース時には、旧システムとの並行稼働や受注の段階移行を検討します。繁忙期に障害が起きても慌てないよう、問い合わせ窓口や連絡経路を決め、データ修正の権限と復旧の手順も用意しておきます。

システムの所有者は、情報システム部門だけに限りません。店舗や物流、CS、マーケティング、経理など、業務ごとの責任者も含めて考えます。

運用後は、出荷リードタイムや在庫差異率、欠品率を毎月確認します。返品処理時間やカゴ落ち率、リピート率も含め、月次で追います。寄せられる要望は、業務ルールの変更と設定の変更、追加開発に分けると、予算や優先順位を管理しやすくなります。

EC/通販システム開発の費用相場と内訳

EC連携を含む中規模開発は700万〜1,800万円が目安です。

モール統合や複数倉庫、店舗連携、複雑な販促ロジックまで含む大規模開発は、1,800万〜4,000万円以上が目安です。

実際の金額は画面数よりも、連携先やデータ移行、在庫競合で変わります。例外処理やセキュリティ、運用体制も金額を左右します。

人件費・工数・契約形態

見積もりは、工程ごとの工数と単価を分けて確かめます。上流設計と管理の比率や、契約の変更条件も費用に影響します。

• 工程：要件定義、基本・詳細設計、実装、テスト、移行、管理、保守の各工程に、何が含まれるかを見ます。
• 単価：中堅エンジニアは月額60万〜80万円、上流や管理の担当は80万円以上が目安です。
• 工数：単価だけでなく、何人月をどの工程に充てるかも判断材料になります。

上流設計と管理が開発費の40〜60％を占めることもあります。

請負契約は、仕様を固定して納品するため、要件が明確な小規模改修に向いています。準委任契約は、業務変更や検証を重ねる案件で使いやすい形式です。

請負では、変更のリスクが価格に上乗せされ、準委任と比べて1.3〜1.5倍程度の差が出ることがあります。ただし、契約条件や責任範囲によって差は変わるため、この倍率だけでは決められません。

月額料金・従量課金・隠れコスト

年間の注文数を当てはめた総額で比べると、月額料金だけでは見えない費用が分かります。初期の開発費とは別に、運用中の費用も積み上がります。

• サービス利用：カートやOMS・WMSの月額料金と、注文・出荷件数に応じた従量課金。
• 連携・決済：決済手数料、倉庫・配送との連携、追加のAPI。
• 運用：端末の費用や保守、監視、データの保管。

出荷件数に応じた課金のOMSでは、繁忙期の費用が平常月より増える可能性があります。

補助制度を使う場合は、デジタル化・AI導入補助金2026の対象ITツールや支援事業者に当たるかを、公式サイトで確かめます。

対象経費や申請時期、補助率、導入後の報告要件には決まりがあるため、採択を前提に発注時期を決めないでください（出典: 中小企業基盤整備機構「デジタル化・AI導入補助金2026」公式サイト、2026年）。

EC/通販システム開発会社・サービスの選び方

開発会社やサービスは、知名度や見積額だけで決めず、業務への理解で比べます。在庫統合やモール連携、物流への理解をまず確かめ、返品・CSや決済セキュリティにも目を向けます。

ECサイトでは個人情報や決済情報を扱うため、セキュリティの確認も欠かせません。IPAは、アクセス制限や不正ログイン対策、バックアップの保護などを示しています（出典: IPA「ECサイト構築・運用セキュリティガイドライン」、2023年）。

パッケージ・SaaSとフルスクラッチの判断

EC向けのサービスには、モール連携や受注集約、出荷指示を標準で備えるものがあります。ただし、個別の業務に合わないこともあるため、自社の業務に当てはめて確かめます。

• SaaS・パッケージ：標準業務を短期間で導入したい場合に有力です。
• 個別開発：独自の商流や店舗運用が競争力になり、基幹連携も必要な場合に検討します。
• 組み合わせ：販売画面はSaaSを使い、独自の在庫や価格のロジックはAPI連携にできます。

SaaSは初期費用を抑えやすい一方で、独自の価格計算や特殊な同梱、複雑な引当ルールが、標準機能に収まるかを確かめる必要があります。

フルスクラッチは柔軟に作れる反面、保守やセキュリティ更新の責任が増えます。そのため、SaaSと個別開発を領域ごとに使い分けると、費用と柔軟性のバランスを取りやすくなります。

提案・見積もり・体制の確認ポイント

候補会社には、業務フローとシステム構成を渡します。さらに、商品や注文のデータ、将来のチャネル計画も共有します。そのうえで、要件定義の進め方も提案してもらい、作業範囲や実績、体制を確かめます。

• 見積範囲：連携先ごとの工数や移行、テスト、教育、保守を分け、障害対応と仕様変更は別に示してもらいます。
• 実績：店舗とECの在庫、複数のモールや倉庫、返品、サブスクへの対応について聞きます。
• 体制：PMや業務設計、開発、保守の担当者と、リリース後の支援を確かめます。

提案が安い場合は、作業の抜けがないかを見ます。特に、現場の例外運用を一緒に整理できる会社は、要件漏れによる追加費用を抑えやすいです。

よくある質問（FAQ）

EC/通販システムを検討する企業から、よく寄せられる質問に答えます。判断の際は、目先の導入費用だけでなく、将来の注文数やチャネル、店舗運用、セキュリティ要件まで含めて考えます。

EC/通販システムの開発費用はいくらですか？

EC連携を含む中規模開発は700万〜1,800万円、大規模開発は1,800万〜4,000万円以上が目安です。

連携先や在庫の粒度、店舗数、移行の内容によって変わるため、要件を整理したあとに複数社から見積もりを取ります。返品や決済、販促ロジックの扱いでも変動します。

SaaSとフルスクラッチはどちらがよいですか？

標準業務を早く安定させたい場合は、SaaSやパッケージが向いています。一方で、独自の価格や在庫、物流のルールが競争力になり、基幹連携も必要な場合は、個別開発を検討します。

販売画面にはSaaSを使い、独自のロジックをAPIで連携する組み合わせも有効です。

ECサイトの決済や不正対策で何を確認すべきですか？

決済と運用管理の面では、次の項目を確かめます。

• 決済：代行サービス、返金や継続課金、チャージバック、不正検知の扱いを確かめます。
• 本人認証：EMV 3-Dセキュアに対応しているかを見ます。
• 管理・運用：権限やログ、脆弱性への対応、定期的な見直しを行います。

IPAは、脆弱性対策や不正ログイン対策、個人情報へのアクセス制御、バックアップの保護などを示しています。導入時だけでなく、脆弱性情報への対応や定期的な見直しも、運用の中に組み込みます。

補助金でECシステム開発費を抑えられますか？

対象のITツールや支援事業者を利用する場合は、デジタル化・AI導入補助金2026を使える可能性があります。ただし、すべての受託開発や自由なスクラッチ開発が対象になるとは限りません。

申請前の契約や発注が認められない場合もあるため、最新の公募要領や対象経費、申請期限、導入後の報告要件を、公式情報で確かめます。

まとめ

EC/通販のシステム開発は、注文から返品までの業務を一つの流れとして設計する取り組みです。年商や注文数に合わせて段階的に投資し、標準化する領域と独自性を残す領域を分けて考えます。

この記事の要点

まず、店舗や倉庫、ECの在庫を、予約や引当、不良と区別して、正本となるシステムを決めます。次に、OMSやWMS、カート、POSなどの連携方法を整理します。

初期費用に加えて、従量課金や端末、保守、セキュリティ、データ移行を含む年間の総額で比べます。

最初に取り組む作業

開発会社に相談する前に、現状の業務と改善点を整理し、要件を共有できる材料をそろえます。

1. 製品や開発会社を決める前に、受注から出荷、返品、返金、顧客対応までを一枚の業務フローにまとめます。
2. 手作業や二重入力、在庫差異、例外処理を洗い出し、将来の売上やチャネルの計画と合わせて、RFPのたたき台を作ります。

riplaはコンサルティングから開発まで一気通貫で、営業・顧客・生産・販売管理などの基幹システム構築を支援しています。現場と経営の両面からシステム化を検討する際は、ご相談ください。

参考情報: 経済産業省「令和6年度電子商取引に関する市場調査」、経済産業省「クレジットカード・セキュリティガイドライン5.0版」、IPA「ECサイト構築・運用セキュリティガイドライン」、中小企業基盤整備機構「デジタル化・AI導入補助金2026」

▼開発を相談する前に読みたい無料ホワイトペーパー
・Webサービス開発の完全ガイドブック
・【2026年最新版】AI駆動開発の完全ガイドブック

会社紹介

株式会社riplaでは、お客様の事業・ユーザー・業務に最適化したオーダーメイド型システムを、構想策定・要件定義から開発・改善まで一気通貫で支援。事業会社でIT・DXを経験したプロフェッショナルによる高い要件定義力・システム設計力を活かし、事業成果の最大化に伴走します。

また、当社独自の開発テンプレート「Boxシリーズ」による標準機能の高速開発と、AI駆動開発の独自フレームワーク「GoDD」による独自機能のAI実装を組み合わせることで、低コスト・短期間で開発を実現いたします。

もし、システム開発やプロダクト開発に関するご要望がございましたら、お気軽にお問い合わせください。

株式会社riplaの会社HPはこちら

・サービス概要資料のURLはこちら >>>
・お問合せページのURLはこちら >>>
・お役立ち資料のURLはこちら >>>

執筆者プロフィール

張田谷凌央

株式会社ripla 代表取締役CEOとして、システムパッケージ活用、システム開発、データ分析、生成AI活用、SaaS開発、アプリ開発、EC構築など、幅広い領域で企業のDX推進と事業成長を支援している。事業会社でIT・DXを経験したプロフェッショナルが集う株式会社riplaにおいて、お客様の事業・ユーザー・業務に最適化したオーダーメイド型システムを構想策定・要件定義から開発・改善まで一気通貫で支援し、単なるシステム納品にとどまらず、クライアントと同じ目線で事業成果の最大化に向けた伴走支援を行う。早稲田大学卒業後、ラクスル株式会社、LINEヤフー株式会社にて事業開発やDX推進などに従事した後、株式会社riplaを創業。