EC/通販システムの開発費用は、連携範囲、倉庫数、販促の複雑さによって、700万〜4,000万円以上まで変わります。中規模の刷新は700万〜1,800万円、大規模開発は1,800万〜4,000万円以上が目安です。
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EC/通販業界のシステムの概要
EC/通販業界のシステムは、販売にとどまらず、注文受付から出荷、配送までを処理する仕組みです。その間には在庫引当や決済もあり、返品や問い合わせまで含めて扱います。ECサイトやカートはOMSとWMSにつなぎます。さらに、POSやCRM、決済代行、会計・基幹システムとも連携させ、同じ情報を複数の担当者が何度も入力しない状態をつくります。
システム化が必要になる背景
システム化の背景には、EC市場の拡大と注文処理の負担があります。
- 市場の拡大：国内BtoC-EC市場は拡大しています。
- 手作業の負担：注文が増えるほど、確認や入力の作業が積み重なります。
- 在庫のずれ：店舗とECを並行して運営すると、売り越しのリスクがあります。
国内のBtoC-EC市場規模は2024年に26.1兆円、EC化率は9.8％でした（出典：経済産業省「令和6年度電子商取引に関する市場調査」、2025年公表）。
注文ごとの在庫確認や配送指示を人手で行うと、処理時間が延び、入力ミスも増えます。
店舗で売れた商品がEC上で在庫ありのまま残ると、売り越しやキャンセルにつながります。
システム投資で目指す成果
システム投資の効果は、作業時間の削減にとどまらず、販売機会や顧客との関係にも及びます。
- 在庫の正確性：在庫数が実際と合うことで、販売機会を失わずに済みます。
- 出荷の自動化：注文が増えても、処理が追いつく状態をつくります。
- 顧客データの統合：同じ顧客の購買履歴をまとめ、リピート購入の増加を狙います。
経営会議では、削減できる作業人数に加えて、売り越し件数、出荷能力、LTVもKPIとして設定します。こうした指標は、数百万円以上の投資を説明する際に役立ちます。
EC/通販システムの構成要素と費用への影響
見積もりでは、「ECサイトをつくる」という要望を機能ごとに分けて見ます。カート画面だけを作るのか、注文後の業務まで一体化させるのかによって、工数が変わります。
既存のPOSや基幹システムがある場合は、データ項目、更新頻度、エラー時の扱いを整理する連携設計が費用を左右します。
カート・OMS・WMS・POSの役割
受注から出荷までの役割を分けておくと、連携範囲を検討しやすくなります。
- カート：商品を見せ、注文を受け付ける窓口です。
- OMS：複数モールや自社サイトの受注、在庫、配送状況を一つにまとめる役割です。
- WMS：倉庫内の入荷、保管、ピッキング、出荷を受け持ちます。
- POS：店舗での販売情報を記録する仕組みです。
楽天、Amazon、ShopifyなどをOMSにつなぎ、OMSからWMSへ出荷指示を送る形にします。
出荷結果をカートへ戻す構成にすると、受注から出荷までを自動化できます。
CRM・決済・マーケティング連携の重要性
顧客情報と決済状態を連携させるときは、発注側と開発会社が、統合するデータと価格条件を先に整理します。
- 顧客データ：会員ID、購買履歴、ポイント、会員ランクを店舗とECで統合します。
- 価格設定：通常、セール、会員、店舗限定価格の優先順位です。
- 決済：決済方法、本人認証、不正検知の範囲です。
店舗とECの顧客情報を統合すると、OMO施策に生かせます。
価格の優先順位が曖昧なまま連携すると、POSとECで価格が食い違います。
決済では、カード、コンビニ、後払い、キャリア決済、定期課金それぞれの状態管理が必要です。
EMV 3-D Secureによる本人認証や不正検知も考慮します。
EMVCoは3-D Secureを、カード非対面取引の不正防止と利便性を両立する仕様として説明しています（出典：EMVCo「EMV 3-D Secure」、2026年参照）。
年商規模別に見るECシステム投資ロードマップ
大規模な基幹システムを、最初から導入する必要はありません。年商や注文数などを基準に、ボトルネックを一つずつ解消していきます。
判断では、年商、注文数、店舗数、商品数、物流拠点、独自業務の複雑さを見ます。これらは一般的な目安で、最終的な判断では、月間注文数と例外処理も確認します。
年商1億円前後はSaaS連携で手作業を減らす段階
年商1億円前後では、受注から出荷までの手作業を減らす連携が優先されます。
- カートとOMSまたはWMS：受注、在庫、出荷を連携させる部分です。
- 自動化する作業：受注取り込み、在庫更新、送り状発行、出荷通知が対象です。
たとえば、LOGILESSはOMSとWMSを一体化し、10分に1回の出荷指示連携を行う構成です。
月額20,000円で300件までという料金例もあります。
ただし、実際には従量課金、初期設定、倉庫側の運用変更も加わります。そのため、月額だけで比較しないことが大切です。
年商10億円前後は店舗・EC・顧客データを統合する段階
年商10億円前後では、SaaS標準機能だけで価格ロジックや在庫配分に対応しにくくなる場合があります。
- 在庫管理：店舗、倉庫、EC販売可能、予約、引当済み、不良に分けて扱う必要があります。
- データ統合：POSとECで商品マスタや会員IDを共通にする設計が必要です。
- 関連業務：ポイント、会員ランク、店舗受取、返品を扱います。
関連業務まで統合すると、CRMや基幹システムとのAPI連携が増えるため、中規模開発の費用帯に入りやすくなります。
年商30億〜100億円は基幹・物流・海外まで見据える段階
年商30億〜100億円では、複数の販売・物流網を横断するデータ基盤が課題になります。
- 対象範囲：複数倉庫、ブランド、卸売、実店舗、越境ECが含まれます。
- 海外対応：多言語・多通貨、海外配送、関税計算、現地決済に対応する範囲です。
- 拡張機能：MA、レコメンド、LINE通知、データ分析です。
海外対応には、国内向けの連携とは別のテストと運用設計が必要です。
受注・在庫の中核を安定させてから機能を段階的に広げる方が、投資回収と現場定着の両面で安全です。
EC/通販システム開発の進め方
開発では、画面の見た目より先に、業務とデータの流れを発注側と開発会社で定義します。現場を見ずに本部の要望だけで仕様を決めると、店舗の値引き、取り置き、欠品、キャンセルなどの例外処理が抜けて、稼働後も手作業が残ります。
成功の条件は、要件定義から運用テストまで、店舗・物流・CS・経理・マーケティングの代表者を参加させることです。
要件定義で決める在庫・価格・例外処理
要件定義では、商品と在庫の前提、例外時の動きを決めておきます。
- 商品マスタ：責任部署、SKUの粒度、販売単位、セット商品の扱いです。
- 在庫の6分類：店舗在庫、倉庫在庫、EC在庫、予約在庫、引当在庫、不良在庫に分けて扱います。
- 例外処理：店舗で売れた瞬間の減算やキャンセル時の戻しのほか、返品検品後の再販可否、セール用在庫の確保も対象です。
発注側と開発会社は、これらを業務フローに落とし込み、在庫数の変化と各担当者の処理をそろえます。
設計・開発・テストで想定する実データと繁忙期
設計とテストでは、連携の失敗や繁忙期を含む実際の運用を想定しておきます。
- 連携設計：API項目と同期頻度を決め、再送や重複注文の防止も設計に含めます。
- 復旧手順：障害が起きたときに、手作業で復旧する方法です。
- テスト：決済失敗、在庫不足、返品、返金、定期購入のスキップを検証します。
配送先変更や分割出荷も、テストの対象です。セールや年末商戦は平常時の数倍のアクセスと注文が発生するため、性能テストと監視設計を開発費に含めます。
リリース後の運用改善期間
現場が操作やマスタ更新、例外対応に慣れるまでには時間がかかります。そのため、段階的に切り替えます。
- 試験運用：特定ブランドや一部倉庫から始める段階です。
- 測定：在庫差異、出荷遅延、問い合わせ件数を見て、状態を把握します。
- 改善枠：導入後3か月程度は、改善対応の期間と体制を確保しておきます。
改善体制は、モール仕様や業務ルールの変更を吸収できる形にしておきます。
EC/通販システム開発の費用相場と内訳
EC/通販システムの費用は、連携先の数やデータの複雑さによって変わります。例外処理、セキュリティ要件、運用支援も、費用を左右する要素です。
基本的なEC・POS連携や在庫・ポイント管理を含む中規模刷新は、700万〜1,800万円が目安です。これに対し、EC・モールの完全統合、複数倉庫、複雑な販促ロジックを含む大規模開発は、1,800万〜4,000万円以上です。
人件費と工数の計算方法
開発費の中心は人件費で、要件定義から設計、実装、テストまでの工数に、プロジェクト管理が加わります。
- 中堅エンジニア：実務3〜5年程度の人材で、月額60万〜80万円が目安です。
- 上流・管理層：月額80万円以上の単価が目安になります。
- 費用割合：上流・管理層が全体の40〜60％を占める場合もあります。
たとえば、5人が6か月稼働し、平均単価が月額70万円なら、人件費だけで2,100万円になります。そのため、連携範囲を絞る判断が重要になります。
初期費用以外にかかるコスト
発注側は、初期費用だけでなく、利用料や運用に必要な費用も含めて確認します。
- 利用・運用費：SaaSの月額、従量課金、決済手数料、クラウド、監視・保守の費用です。
- 導入準備費：端末のレンタル、データ移行、マスタ整備、教育にかかる費用です。
たとえば、Air Logiは初期費用35,000円からで、ハンディターミナルは月額6,500円/台という料金例があります。
mylogiには、月額15,000円で100件まで無料、101〜300件は1件30円という従量課金例もあります。ただし、料金体系は変わることがあるため、契約前に公式見積もりを確認します。
請負契約と準委任契約による費用の違い
契約方式によって、見積もりや予算管理の考え方が変わります。
- 請負契約：完成物と納期を固定し、変更のリスクが見積もりに加わりやすい契約です。
- 準委任契約：稼働時間に応じて精算するため、要件が変わりやすいEC運用に合います。
同じ機能でも、請負契約は準委任契約より1.3〜1.5倍程度になるケースがあります。
準委任契約では予算上限や成果物が曖昧になりやすいため、月ごとの成果、優先順位、終了条件を合意書に明記しておきます。
見積もりの取り方とコスト最適化のポイント
金額が最も安い見積もりが、最も効果的なコスト削減になるとは限りません。たとえば、連携や例外処理が抜けると、追加開発や手戻り、二重入力が発生します。
複数社に同じ前提条件を渡し、5年程度の総額で比べると、実態に近い判断につながります。比べる費用は、初期費用、月額費用、従量課金です。さらに、移行費と保守費も含めます。
発注前にRFPへ整理する項目
発注側は、RFPにシステム構成と業務シナリオをそろえて書き、見積もりの前提にします。
- 利用環境：カート、モール、POS、WMS、基幹システムの構成です。
- 規模：月間と繁忙期の注文数、SKU数、店舗数、倉庫数です。
- 業務シナリオ：在庫6分類、価格順、返品、店舗受取、決済失敗などの動きです。
定期購入の同梱物、交換・返金、CSへの通知も示しておきます。また、「API連携希望」のように書くと比べにくいため、データ、タイミング、方向、失敗時の戻し方まで具体化します。
パッケージ連携とフルスクラッチの使い分け
発注側と開発会社は、標準化できる業務と競争力に直結する独自業務を分けて、実装方法を選びます。
- 標準機能：受注、出荷、在庫の処理に、OMSやWMSを使います。
- 追加開発：独自価格、定期購入、会員制度、返品フローを作り込む部分です。
標準機能を使えば、初期費用と導入期間を抑えやすくなります。一方で、独自要件が競争力に直結する場合は、APIや追加開発で差別化の部分だけを実装します。
すべてを作り込むより、標準化する部分と独自化する部分を分けることが現実的です。そのため、差別化の部分に開発費を集中させます。
見落としがちな隠れコストと抑え方
見積もりには、追加費用につながりやすい変更、移行、保守対応も含めて確認します。
- システム対応：モール仕様変更への追従、データクレンジング、旧システムからの移行が含まれます。
- 運用関連：端末費、決済の追加審査、保守時間外の障害対応が該当します。
返品は返送受付・検品・在庫戻しのあと、返金・ポイント戻し・CS通知まで済んで完了するため、この一連の対応が見積もりに含まれているかも確認します。
見積書が「運用保守一式」の場合は、対応時間、月間上限、追加単価を確認します。障害時の連絡手段も、あわせて見ておきます。
補助金による初期費用の抑え方
対象のITツールや申請枠に該当すれば、デジタル化・AI導入補助金2026を検討できます。
- 補助率：1/2〜4/5の範囲です。
- 補助上限額：最大450万円です。
- 申請枠：通常枠、インボイス枠、セキュリティ対策推進枠などがあります。
中小企業庁の案内に基づく内容です（出典：中小企業庁「デジタル化・AI導入補助金」、2026年）。
採択や交付決定の前に契約・発注すると、対象外になる場合があります。そのため、支援事業者と公募要領を確認し、補助金がなくても成立する投資計画を組み立てておきます。
よくある質問（FAQ）
EC/通販システムの費用について、特に相談の多い質問に回答します。相場は前提条件で変わるため、金額や判断基準は初期検討の目安としてご覧ください。
EC通販システムの開発費用は最低いくらですか？
必要な機能と連携範囲によって、初期費用の目安は変わります。
- 小規模連携：SaaSカートと少数モール、出荷自動化が対象です。
- 中規模開発：POS、複数倉庫、会員・ポイント、独自価格、返品までを統合する規模です。
小規模連携は、初期設定や連携開発を含めて数百万円から検討できるケースがあります。一方、中規模開発は700万〜1,800万円が目安です。
必要な機能と連携先を決めないまま金額だけを尋ねると、後から追加費用が発生しやすくなります。
SaaSとフルスクラッチはどちらが安いですか？
どちらが安いかは、初期費用と運用を含む5年総額で判断します。
- SaaS：初期費用は一般に安く、導入も早くなります。
- フルスクラッチ：5年総額では有利になる場合もあります。
- 組み合わせ：独自要件に応じて、SaaS連携と追加開発を使い分けます。
比較には、月額料金、注文従量課金、独自要件の追加開発を含めます。独自業務が競争力の源泉でない会社は、SaaS中心が選択肢になります。一方で、独自の価格・物流・定期購入が売上を左右する会社は、SaaS連携と追加開発の組み合わせが現実的です。
ECシステム開発にはどれくらいの期間がかかりますか？
開発期間は、規模と連携範囲によって異なります。
- 小規模SaaS連携：数か月です。
- 中規模の在庫・受注・POS連携：6〜12か月です。
- 大規模な基幹刷新：1年以上かかることがあります。
計画には、要件定義とデータ移行を含めます。さらに、店舗や倉庫でのテストと、繁忙期を避けた切り替えも入れます。マスタ整備や現場教育が不足すると、稼働後の追加費用が増えるため、注意が必要です。
開発会社はどのような基準で選べばよいですか？
制作実績に加え、店舗や倉庫を含む業務対応と稼働後の体制を確認します。
- 業務設計：店舗・倉庫・CS、返品・返金を扱った経験です。
- システム連携：モールやPOSとの連携経験です。
- 運用体制：繁忙期の障害対応や稼働後の保守体制です。
要件の抜けを指摘できるか、現場の例外運用を聞き取れるかも重視します。たとえば、在庫の6分類と価格ロジックの扱いを質問すると、実務の理解を比べやすくなります。
まとめ
費用相場を判断する際の要点
EC/通販システムの中規模開発は700万〜1,800万円が目安です。大規模なモール統合や複数倉庫、複雑な販促を含むと、1,800万〜4,000万円以上になります。
金額を決める主な要因は、画面数よりも業務要件です。連携先、在庫の粒度、価格ロジックが影響します。加えて、返品・返金、決済・不正対策、定期購入も関わります。MAや越境ECも、費用を左右する要素です。
最初に整理する次のアクション
投資対象と費用、運用条件は、年商規模と注文数を起点に整理します。
- SaaS連携から基幹・物流・海外対応まで、どの段階から進めるかを決めます。
- 現場の例外運用を含むRFPを作り、初期費用だけでなく月額・従量課金・移行・保守を含む総額で比較します。
- 2026年はデジタル化・AI導入補助金の通常枠なども案内されています。ただし、採択を当てにせず、投資効果と運用体制を先に設計します。
参考情報：経済産業省「令和6年度電子商取引に関する市場調査」、EMVCo「EMV 3-D Secure」、中小企業庁「デジタル化・AI導入補助金」、デジタル化・AI導入補助金2026公式サイト（いずれも2026年8月参照）。
会社紹介
株式会社riplaでは、お客様の事業・ユーザー・業務に最適化したオーダーメイド型システムを、構想策定・要件定義から開発・改善まで一気通貫で支援。事業会社でIT・DXを経験したプロフェッショナルによる高い要件定義力・システム設計力を活かし、事業成果の最大化に伴走します。
また、当社独自の開発テンプレート「Boxシリーズ」による標準機能の高速開発と、AI駆動開発の独自フレームワーク「GoDD」による独自機能のAI実装を組み合わせることで、低コスト・短期間で開発を実現いたします。
もし、システム開発やプロダクト開発に関するご要望がございましたら、お気軽にお問い合わせください。
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株式会社ripla 代表取締役CEOとして、システムパッケージ活用、システム開発、データ分析、生成AI活用、SaaS開発、アプリ開発、EC構築など、幅広い領域で企業のDX推進と事業成長を支援している。事業会社でIT・DXを経験したプロフェッショナルが集う株式会社riplaにおいて、お客様の事業・ユーザー・業務に最適化したオーダーメイド型システムを構想策定・要件定義から開発・改善まで一気通貫で支援し、単なるシステム納品にとどまらず、クライアントと同じ目線で事業成果の最大化に向けた伴走支援を行う。早稲田大学卒業後、ラクスル株式会社、LINEヤフー株式会社にて事業開発やDX推進などに従事した後、株式会社riplaを創業。