EC受注管理システムの費用は、初期0円から5,000万円以上まで幅があります。金額を左右するのは、受注量、連携範囲、倉庫や例外注文の複雑さです。
費用は、SaaSの利用料と個別開発の費用に分けて考えます。全体像は、完全ガイドもあわせてご覧ください。
▼全体ガイドの記事
・EC・通販業向けEC受注管理システム開発の完全ガイド
Webサービス開発の費用の考え方や見積もりの注意点については、無料ホワイトペーパー「Webサービス開発の完全ガイドブック」で詳しく解説しています。
EC・通販業向けEC受注管理システムの概要
EC・通販業向けの受注管理システムは、複数チャネルの注文を集めるOMS（Order Management System）です。対象のチャネルには、楽天市場、Amazon、Yahoo!ショッピング、自社EC、Shopifyなどがあります。
受注から出荷、返品、顧客対応までの流れをそろえるのが役割です。費用を考えるときに注文一覧の機能だけを見ていると、連携の範囲が抜けがちです。在庫・倉庫・配送・決済・会計とどこまでつなぐかを、先に決めておきます。
受注取込から出荷・返品までを一つの業務フローで管理
業務フローは、標準化する業務と、例外注文で人が判断する箇所に分けて整理します。
- 基本処理：受注取込、注文状態、決済確認、在庫引当、出荷指示が対象です。
- 帳票と結果：送り状と納品書の発行、出荷結果の反映です。
- 例外注文：キャンセル、住所変更、欠品、同梱、ギフト、予約、定期購入、複数配送、返品、交換、返金まで扱います。
例外注文は、どの時点で止めて誰が判断するかを、先に決めておく必要があります。通常注文は自動で流し、例外だけを担当者に通知する設計になっているかで、導入効果が大きく変わります。
OMSとWMS、在庫・基幹システムの責任分界
OMSとWMSの担当範囲は製品によって違うため、導入前に、どこまでを誰が受け持つかを決めておきます。
- OMS：注文と顧客の情報を管理する役割です。
- WMS：倉庫内の入荷、棚卸し、ピッキング、検品、出荷を受け持ちます。
- 一体型：LOGILESSは、OMSとWMSを一体化した型を掲げています。
LOGILESSは、月額の基本料金に出荷件数に応じた従量料金を加える料金体系を公開しています（出典: 株式会社ロジレス「EC事業者さまのご利用料金」、2026年確認）。
販売管理、ERP、会計を残す場合は、注文ID、商品ID、顧客ID、在庫ロケーション、出荷状態の表記や区分をそろえるルールを決めておく必要があります。どのシステムを正本にするかが決まっていないと、二重登録や在庫ずれが起きやすく、そのぶん追加開発費と運用費も膨らみます。
見積もりでは、データ連携だけでなく、エラー再送、重複検知、監査ログ、障害時の手動運用も含まれているかを確かめます。
EC受注管理システム開発・導入の進め方
費用の見通しを立てるには、製品や開発会社を選ぶ前に現行業務を整理しておく必要があります。通常注文と例外注文に分けると、処理の実態が見えてきます。
月間の受注件数と繁忙期の最大件数に加えて、店舗・SKU・倉庫・担当者の数を調べます。さらに、手作業の量、注文から出荷までの時間、在庫ずれや出荷漏れの件数も確認しておきます。
工程を要件定義、適合性評価、設計・開発、テスト・移行に分けておくと、見積もりのどこに費用がかかるかを追いかけられます。
現行業務の洗い出しと必須要件の決定
要件を決めるには、現行業務の流れと運用条件を洗い出すところから始めます。
- 業務フロー：受注取込、入金確認、保留判定、在庫引当、出荷指示、問い合わせ、キャンセル、返品・返金、売上計上を順に書き出します。
- 運用条件：受注件数、チャネル、SKU、倉庫、配送会社、決済手段、定期便、予約、ギフト、店舗受取の有無の一覧。
- 必須範囲：受注取込、在庫同期、出荷、返品、権限、監査ログをMustとして扱う範囲です。
分析やAIによる問い合わせ要約はWant（希望）に分け、段階導入に回すと、初期費用を管理しやすくなります。
SaaS・パッケージ・個別開発のFit & Gap比較
業務の標準化度と独自要件をもとに、各方式がどこまで合うかを比べます。
- SaaS：標準的な業務を早く整えたい企業に合います。
- パッケージ：業務の差分が限られ、一定のカスタマイズを加えたい企業向けです。
- 個別開発：独自の引当・価格・物流・会計連携が競争力に直結する企業に適します。
候補製品は、対応チャネル、API・CSV、在庫同期の頻度を中心にFit & Gap表へ書き出します。さらに、エラー再処理、定期購入、返品、ギフト、複数倉庫、データ出力も、同じ表に並べます。
標準機能で対応できる部分は、あえて開発しないほうが、初期費用と将来の保守費を抑えられます。
小さなPoCと段階移行による本番リスクの低減
本番稼働の前に、小さな範囲でPoCを行い、通常注文と例外注文の動きを確かめます。
- 対象範囲：1チャネル、少数SKU、1倉庫などの小さな単位。
- 業務確認：実データに近い条件で、注文取込、在庫同期、出荷結果、キャンセル、返品、障害復旧を確かめます。
- 本番準備：繁忙期の負荷試験、権限テスト、個人情報のマスキング、データ移行リハーサルを済ませてから、対象を広げます。
SaaSの標準導入は2〜6週間、連携を含む個別開発は4〜9か月程度が目安です。
EC受注管理システムの費用相場とコストの内訳
費用は、既製のSaaS・パッケージの利用料と、導入設定・連携・個別開発の費用に分けて考えます。
公開料金は税抜表示が多く、初期費用が0円でも別料金の項目があります。データ移行や導入支援、API、WMSが該当する場合があります。送り状、電話サポート、個別帳票も、別途かかることがあります。
次に挙げる公開料金とリサーチノートの推定レンジは、性質の異なる目安です。
SaaSの公開料金の幅（初期0〜5万円程度、月額0〜20万円以上）
小規模運用向けのSaaSには、初期費用0〜5万円程度、月額0〜4万5,000円程度の公開プランがあります。GoQSystemでは、受注や在庫の管理範囲によって料金が分かれます。
- フリー：初期費用0円、月額0円。
- 受注管理：初期費用3万円、月額1万5,000円。
- 受注・在庫連携管理：初期費用4万円、月額2万9,800円。
- 受注・商品・在庫連携管理：初期費用5万円、月額4万4,800円。
エンタープライズは月額20万円以上で要相談です（出典: 株式会社GoQSystem「料金プラン」、2026年確認）。
従量課金型のネクストエンジンは、初期費用0円、基本料金月額3,000円です。月間受注200件までは基本料金に含まれ、201〜400件は1件35円、401〜1,000件は1件30円といった段階料金になります。
公式の計算例では、月間400件で1万円、1,000件で2万8,000円、3,000件で7万8,000円です（出典: Hamee株式会社「ネクストエンジン 料金」、2026年確認）。
有料アプリや外部連携、年間の保守費用も加わるため、自社の件数と追加機能で金額を確かめます。
中規模以上の月額比較の起点（5万〜30万円程度）
多店舗、多SKU、複数倉庫で運用する場合は、月額5万〜30万円程度を比較の起点として考えます。
- 料金変動：店舗・商品数、連携先、サポート、WMS、API、受注件数の扱いによって変わります。
- CROSS MALL：受注件数によらず、月額が固定の料金体系です。
- LOGILESS：OMSとWMSを一体で使うと、別契約の費用を抑えられる可能性があります。
ここに挙げた相場は、契約価格を決めつけるものではありません。
CROSS MALLでは、標準外の自社サイトや実店舗の在庫管理システムとの連携は、別途見積もりになっています（出典: 株式会社アイル「CROSS MALL 料金プラン」、2026年確認）。
LOGILESSは、ライトで月額2万円（月300件まで）、スタンダードで月額2万5,000円（月500件まで）を含む料金を公開しています。
スタンダードで月6,000件の場合、公式計算例は月額14万9,500円です（出典: 株式会社ロジレス「EC事業者さまのご利用料金」、2026年確認）。
出荷件数や倉庫数が増える企業では、OMSの月額だけでなく、WMS、作業費、連携費を含めて比べる必要があります。
個別開発の費用幅（中規模は500万〜1,500万円程度、大規模は5,000万円以上）
個別開発には公開統計が見当たらないため、ここに挙げるのはリサーチノートに基づく推定レンジです。導入範囲ごとに金額を比べて読みます。
- SaaS標準導入：初期設定、権限、商品・顧客・在庫データの移行、研修を含めて30万〜150万円程度。
- API・CSV連携：2〜4本の追加で150万〜500万円程度。
- 中規模個別開発：複数モール、自社EC、WMS、基幹、決済、返品、定期便を含むケースで500万〜1,500万円程度。
- 大規模拡張：高負荷、複数倉庫、店舗受取、複雑な在庫引当、基幹刷新を含む場合、1,500万〜5,000万円以上の可能性があります。
金額は機能数だけでなく、複数の工程や運用費が関わります。要件定義や画面・帳票、データモデルの設計が含まれ、API認証やエラー再処理も含みます。移行、テスト、負荷試験も金額に入ります。
マニュアルや教育、リリース支援、保守も、金額に加わります。
期間の目安は、標準導入が2〜6週間、連携追加が1.5〜4か月、中規模開発が4〜9か月、大規模拡張が9〜18か月です。契約前には、各工程の成果物と受入条件を確かめておきます。
初期費用以外の保守・連携・運用費
初期費用と継続費用は分けて考え、見積書にどの項目が含まれるかを確認します。
- 利用料：月額、受注・出荷の従量料金、追加店舗・SKU、データ保存量の扱いを確かめます。
- 連携・運用：API、外部システム、WMS、配送、決済、電話サポートを、料金ごとに分けて見ます。
- 個別開発：クラウド基盤、監視、バックアップ、脆弱性・障害対応、法改正やAPI変更への対応が、費用に含まれるかどうか。
リサーチノートには、保守・監視・セキュリティ費を初期費用の年15〜25％程度とみる推定もあります。SLAや対応時間の範囲で変わるので、個別の見積もりで確かめます。
5年間のTCO（総保有コスト）は、初期費用に60か月分の月額と従量料金を加えて計算します。さらに、追加開発、保守、教育、社内運用人件費も含めて比べ、解約時のデータ返却費用も確かめておきます。
安い月額でも、受注件数や店舗数、API、WMSが増えれば、5年の総額が上がることがあります。また、自社開発でも、作業時間の削減や売り越し防止が大きければ、投資対効果を説明できます。
EC受注管理システムの費用が変動する要因
同じ受注管理システムでも、企業ごとに見積もりは大きく変わります。
月間受注件数だけで料金を判断すると、後から要件が追加されることがあります。繁忙期の処理能力や複数倉庫、定期便、返品、APIエラー、個人情報保護が、その例です。
費用を動かす条件は、RFPや見積依頼書に最初から書いておくことが大切です。
チャネル数・SKU数・受注量が料金と処理性能に与える影響
見積もりには、チャネル、商品構成、繁忙期の受注量を伝え、必要な処理性能を示します。
- チャネル：楽天市場、Amazon、自社EC、Shopifyごとの認証と商品コードの違い。
- 商品構成：SKU、セット商品、規格違い、予約商品、温度帯、販売期間、店舗別在庫の整理。
- 受注量：セールや年末年始のピーク、同時取込、在庫同期の頻度、許容できる処理遅延の時間。
送料や税、キャンセル、出荷状態の違いも、チャネルごとに確かめます。
倉庫数と例外注文の多さによる業務ルールの複雑化
倉庫の構成と例外注文のルールを決めてから、開発範囲を固めます。
- 倉庫・配送：複数倉庫、店舗受取、取り寄せ、分割配送、温度帯、同梱不可の整理。
- 注文条件：ギフト包装、定期購入、予約販売に応じた在庫引当と出荷の定義。
- 欠品時：別倉庫への振り替え、保留、顧客への連絡のどれにするか。
例外を競争力として残すのか、標準化して減らすのかは、経営と現場で合意しておく必要があります。ルールが曖昧なままだと、テストケースと追加改修が増えてしまいます。
API連携・データ移行・セキュリティ要件による工数の増加
接続先とセキュリティ要件を確かめたうえで、連携と移行の工数を見積もります。
- 接続先：ECカート、モール、WMS、配送、決済、会計、ERP、CRM、問い合わせ管理の洗い出し。
- 連携処理：項目、認証、レート制限、Webhook・CSVの時期、エラー通知、再送、重複防止の設計。
- 保護対策：最小権限、MFA、SSO、通信と保存時の暗号化、操作ログ、バックアップ、委託先管理、退職・異動時の停止。
APIがない場合は、CSVや連携ツールで代えられることがあります。その際は、文字コードや必須項目、ファイル名、取込失敗時の扱いを確かめ、移行対象を必要な期間と項目に絞ります。
購買履歴や配送先は、個人情報にあたる場合があります。
決済ページの外部スクリプトでは、PCI Security Standards Councilが認可、完全性確認、改ざん監視を重視しています（出典: PCI Security Standards Council「Payment Page Security and Preventing E-Skimming」、2025年）。
決済画面と連携先を含めて、どこまでを誰が受け持つかを確かめ、システム会社の認証はその判断材料にします。
見積もりを取る際のポイントとコスト最適化
見積もりは、金額を比べる前に前提条件と対象範囲をそろえることが先です。チャネル、月間・繁忙期の受注件数、SKU、倉庫の情報に加えて、配送と決済、既存システムも書き添えます。さらに、例外注文、KPI、セキュリティ、希望時期も伝えます。
同じRFPを2〜3社に渡し、SaaS標準導入、SaaS＋追加連携、個別開発の3案を依頼すると、段階導入の余地が見えてきます。
見積書の機能・工数・前提条件の内訳
見積書の項目と契約条件を分けて読み、どこから追加費用が生じるかを明らかにします。
- 作業項目：要件定義、業務整理、画面、帳票、各種マスタ、API・CSV、移行ごとの区分。
- 品質・運用：権限・監査ログ、テスト、負荷試験、マニュアル、教育、リリース支援、保守の記載。
- 契約条件：変更単価、追加チャネル、障害窓口、復旧目標、SLA、データ所有権、解約時の形式、設計書・ソースの扱い。
「外部連携一式」や「帳票対応一式」では、対象の本数もエラー処理も分かりません。そのため、標準機能、設定、追加開発、対象外、将来対応の境界を、開発会社に明示してもらいます。
要件が固まる前に全機能の請負契約を結ぶと、変更費用が膨らみがちです。先に要件定義やPoCで適合性と効果を確かめ、そのうえで本開発に進む方法もあります。
標準機能の優先と追加開発の絞り込み
追加開発を絞るには、既存業務を画面にそのまま写すよりも、通常注文の自動化と例外対応を軸に整理するほうが効果的です。
- 業務整理：不要な帳票、重複したマスタ、個別メール、使われていない承認段階の見直し。
- 優先順位：必須のMustと、希望のWantの区分。
- データ統一：商品コードと注文状態をそろえてから、連携に進みます。
そのため、チャネルを追加するときの開発費やテスト工数も抑えやすくなります。
KPIによる削減効果の測定
導入の前後で同じ定義を使い、作業時間と業務上の損失を測ります。
- 作業量：担当者数、1注文あたりの時間、手入力件数、繁忙期の残業。
- 品質：在庫ずれ、売り越し、出荷遅延、返品処理日数、問い合わせ件数。
- 出荷指標：出荷自動化率と出荷リードタイム。
たとえば、月間1万件で1件あたり2分の手作業を削減できるとすると、月約333時間の削減余地があります。ただし、これは実作業時間と自動化率を測って確かめる試算です。
経済産業省の令和6年度調査では、2024年の国内BtoC-EC市場規模は26.1兆円、EC化率は9.8％でした（出典: 経済産業省「令和6年度電子商取引に関する市場調査」、2025年公表）。
販路や注文量が伸びるほど、人を増やして手作業を吸収する方法には限りがあります。そこで、将来の量を見込み、必要な自動化から始めると、過剰な投資と運用の負担を抑えられます。
よくある質問
費用は受注量や機能、連携先によって変わります。在庫・倉庫の構成や例外注文、保守の範囲も、金額に影響します。導入前によくある費用、期間、製品選びの疑問に、順に答えます。
EC受注管理システムの導入費用はいくらですか？
SaaSの利用料と導入・開発費用は、方式や範囲ごとに目安が異なります。
- SaaS：小規模の公開プランは初期0〜5万円程度、月額0〜4万5,000円程度です。エンタープライズは月額20万円以上のプランもあります。
- SaaS標準導入：初期設定、権限設定、商品・顧客・在庫データ移行、操作研修を含める場合は30万〜150万円程度です。
- API・CSV連携：2〜4本追加する場合は150万〜500万円程度が目安です。
- 個別開発：複数チャネル・WMS・基幹連携を含む中規模開発は500万〜1,500万円程度、大規模拡張は1,500万〜5,000万円以上が推定レンジです。
受注件数やSKU、倉庫、例外処理、移行、保守の範囲で変わるので、金額は目安として扱います。そのうえで、同じ条件で相見積もりを取り、比べます。
EC受注管理システムの開発期間はどれくらいですか？
SaaS標準導入は2〜6週間が目安です。API・CSV連携や帳票追加を含む構成は1.5〜4か月、複数モール・WMS・基幹・返品・定期便を含む個別開発は4〜9か月程度です。
複数倉庫、高負荷、店舗受取、基幹刷新、詳細な移行や負荷試験まで含めると、9〜18か月程度になる可能性があります。計画では、要件定義、PoC、テスト、移行リハーサル、教育を含めて立てます。
SaaSと個別開発はどちらがコストを抑えられますか？
標準的な受注、在庫、出荷業務ならSaaSのほうが、初期費用と導入期間を抑えやすくなります。API変更や機能更新も、サービス側に任せやすいです。
独自の在庫引当や複数倉庫、価格・販促ルール、既存基幹との深い連携が競争力に直結する場合は、追加開発や個別開発を検討することになります。
SaaSでFit & Gapを行い、標準機能で解決できない差分だけを開発する段階導入は、費用と業務適合のバランスを取りやすい方法です。
月額料金以外に確認すべき費用は何ですか？
月額以外の費用も見積もりに含め、初年度と2年目以降を分けた5年TCOで比べます。
- 導入：初期設定、商品・顧客・在庫の移行、教育、追加帳票の費用。
- 連携と運用：API・CSV、追加店舗・SKU、WMS、送り状、決済、電話サポート、保守、障害対応の料金。
- 個別開発：クラウド、監視、バックアップ、脆弱性対応、外部APIや法令・物流運用の変更改修を含む範囲。
契約後に増えやすい従量料金やオプションは、見積書に明記してもらいます。解約時のデータ返却費用も、あわせて確かめます。
受注件数が少なくてもEC受注管理システムは必要ですか？
複数チャネルの在庫同期や定期便、ギフト、返品、顧客対応、出荷ミスが課題であれば、件数が少なくても導入効果が出る場合があります。
単一チャネルで件数が少なく、手作業や在庫のリスクも小さいなら、無料プランやCSV運用から始めても構いません。注文量が増えた段階で移行すれば、対応できます。
月間件数だけでなく、1件あたりの処理時間、属人化、売り越しや出荷漏れによる損失で判断します。
まとめ
EC受注管理システムの費用は、SaaSなら初期0〜5万円程度、月額0〜20万円以上です。個別開発なら、500万〜1,500万円程度が中心になります。
複数倉庫、基幹、決済、返品、定期便を含む大規模開発は、1,500万〜5,000万円以上の推定レンジです。
公開料金と個別開発費は性質が異なります。標準機能や追加設定、連携、移行、保守ごとに分けて比べます。
受注件数だけでなく総保有コストで見る費用判断
5年TCOには、料金だけでなく、業務要件と自動化の効果も含めて考えます。
- 業務量：チャネル、SKU、繁忙期の受注量、倉庫数。
- 機能と連携：在庫引当、API・CSV、移行、定期便・予約・ギフト・返品、権限・監査・セキュリティ。
- 継続費用：従量料金、店舗追加、WMS、サポート、保守を加えた試算。
作業時間や売り越し、出荷遅延、問い合わせを減らせる場合は、月額だけで比べると効果を捉えきれません。
段階導入と共通RFPによる投資判断
進め方は、現行業務の整理からFit & Gap、PoC、必要な差分の開発、共通条件での見積もり比較へと進みます。
- 通常注文と例外注文に分けて、月間・繁忙期の件数、チャネル、SKU、倉庫、既存システム、KPIを整理します。
- SaaSやパッケージの標準機能の適合性（Fit & Gap）。
- 1チャネルや1倉庫のPoCで、取込、在庫同期、出荷、キャンセル、返品、障害復旧を検証します。
- 必要な差分の開発と、同じRFPによる複数社の比較（初期費用、月額、保守、移行、追加料金、期間）。
この順序なら、費用と業務適合のバランスを取りやすくなります。
チャネルや注文量が増えるほど、Excelや人手の転記で品質を保つのは難しくなります。
通常注文を自動化し、例外を安全に処理し、在庫と出荷結果を正しく戻す仕組みとして要件を定めることが、投資効果を高める第一歩になります。
▼全体ガイドの記事
・EC・通販業向けEC受注管理システム開発の完全ガイド
▼見積依頼前に読みたい無料ホワイトペーパー
・Webサービス開発の完全ガイドブック
・【2026年最新版】AI駆動開発の完全ガイドブック
会社紹介
株式会社riplaでは、お客様の事業・ユーザー・業務に最適化したオーダーメイド型システムを、構想策定・要件定義から開発・改善まで一気通貫で支援。事業会社でIT・DXを経験したプロフェッショナルによる高い要件定義力・システム設計力を活かし、事業成果の最大化に伴走します。
また、当社独自の開発テンプレート「Boxシリーズ」による標準機能の高速開発と、AI駆動開発の独自フレームワーク「GoDD」による独自機能のAI実装を組み合わせることで、低コスト・短期間で開発を実現いたします。
もし、システム開発やプロダクト開発に関するご要望がございましたら、お気軽にお問い合わせください。
・サービス概要資料のURLはこちら >>>
・お問合せページのURLはこちら >>>
・お役立ち資料のURLはこちら >>>
株式会社ripla 代表取締役CEOとして、システムパッケージ活用、システム開発、データ分析、生成AI活用、SaaS開発、アプリ開発、EC構築など、幅広い領域で企業のDX推進と事業成長を支援している。事業会社でIT・DXを経験したプロフェッショナルが集う株式会社riplaにおいて、お客様の事業・ユーザー・業務に最適化したオーダーメイド型システムを構想策定・要件定義から開発・改善まで一気通貫で支援し、単なるシステム納品にとどまらず、クライアントと同じ目線で事業成果の最大化に向けた伴走支援を行う。早稲田大学卒業後、ラクスル株式会社、LINEヤフー株式会社にて事業開発やDX推進などに従事した後、株式会社riplaを創業。