結論：電子カルテシステムの費用は、公開料金のある小規模診療所向けクラウドなら初期0〜30万円程度と月額1.2万〜2万円台、
無床診療所の導入実例では約200万円、100床病院の実支出例では7,000万円です。
施設規模、端末数、連携範囲、データ移行、導入支援によって大きく変わるため、単一の「相場」
ではなく条件別のレンジで判断する必要があります。
電子カルテシステムは、診療録を入力するだけの画面ではなく、受付、診察、検査、処方、
会計、病棟、地域連携をつなぐ医療情報基盤です。本記事では、2026年時点で確認できる料金・実支出例を起点に、
費用の内訳、価格が上がる要因、開発・導入期間、コストを抑える方法、ベンダーから見積もりを取るときの確認事項まで解説します。
▼全体ガイドの記事
・電子カルテシステム開発の完全ガイド
電子カルテシステムの費用相場をどう捉えますか？
電子カルテシステムの費用相場は、診療所か病院か、クラウドかオンプレミスか、標準機能で収まるか個別開発が必要かによって分けて考えます。
まずは公開料金や公的資料の実支出例を目安にし、その金額が何を含み、何を含まないのかを確認することが重要です。
診療所と病院では必要な機能と費用が異なります
- 確認対象：この見出しで扱う範囲と前提を整理します。
- 比較の観点：初期・継続・追加の要素を分けて確認します。
- 判断の基準：自社の要件と運用体制に照らして検討します。
診療所では、患者基本情報、診療記録、処方、検査、レセコン、オンライン資格確認などが中心になり、標準化されたクラウドサービスを選べば短期間で導入しやすいです。
一方、病院では外来・入院オーダー、看護、薬剤、検査、画像、リハビリ、病棟管理、手術、退院サマリーなどの部門連携が増えます。
端末数や同時接続数も増えるため、ライセンス、ネットワーク、移行、テスト、教育の工数が膨らみやすいです。
公開料金は比較の出発点として利用します
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- 比較の観点：初期・継続・追加の要素を分けて確認します。
- 判断の基準：自社の要件と運用体制に照らして検討します。
株式会社DONUTSのCLIUS Directは、初期費用0円〜、月額19,800円で、最短5日で開通できる公開例です。
ただし、医療機関側で準備する作業があり、レクチャー、追加端末の設定、連携設定、訪問支援などは別途条件になる場合があります。
小規模診療所がクラウド型を検討する際の下限側の参考として有用ですが、病院向けの導入費用へそのまま置き換えることはできません。
株式会社エイトスのAHISは、中小病院向けスタンダードプランについて、端末10台構成の参考価格として月額245,850円（税込）〜を公開しています。
初期費用、端末、ネットワーク、医事会計、部門システム連携は別途確認が必要です。
このように月額が明示されていても、初期費用や外部システムの費用が含まれるとは限らないため、比較時は料金表の範囲を読み分けます。
電子カルテシステムの費用はいくらですか？
確認できる資料から見ると、電子カルテシステムの導入費用は、小規模診療所の数十万円規模から、
無床診療所の数百万円規模、100床前後の病院の数千万円規模まで広がります。以下の金額は全国一律の定価ではなく、
公開料金と特定事例から作る企画段階の目安です。見積もりでは施設条件を揃えて再計算する必要があります。
小規模診療所のクラウド型は初期0〜30万円程度が一つの目安です
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- 比較の観点：初期・継続・追加の要素を分けて確認します。
- 判断の基準：自社の要件と運用体制に照らして検討します。
小規模診療所が標準機能中心のクラウド型を導入する場合、公開料金ベースでは初期0〜30万円程度、月額1.2万〜2万円台という設計が見られます。
CLIUS Directの初期費用0円〜・月額19,800円は、その具体例です。
5年間の利用料だけで見ると、月額19,800円の場合は約119万円ですが、端末、通信回線、設定支援、データ移行、レセコン以外の連携。職員教育を加えると総額は変わります。
クラウド型はサーバーを自院で購入しないため初期投資を抑えやすい一方、利用人数、端末台数、オプション、訪問サポートで月額や初期費用が増える場合があります。
月額だけで判断せず、導入時の作業費と5年間の運用費を一つの表にまとめてください。
病院では数百万円から数千万円規模まで広がります
- 確認対象：この見出しで扱う範囲と前提を整理します。
- 比較の観点：初期・継続・追加の要素を分けて確認します。
- 判断の基準：自社の要件と運用体制に照らして検討します。
無床診療所の費用感を考えるときは、東京都の2025年資料にある「実支出額200万円」の活用例が参考になります。
この資料は補助制度の説明用ケースであり、全国の標準価格ではありませんが、機器、開発・取付、入力代行などを含む導入経費を考える際の現実的な目安になります。
補助率や対象経費は年度と地域で異なるため、契約前に最新制度を確認します。100床の病院について同じ東京都資料では、実支出額7,000万円の活用例が示されています。
これは電子カルテ本体だけでなく、病院の規模に応じた機器、ネットワーク、部門連携、データ移行、導入支援などを含み得る金額です。
パッケージ本体の価格と病院全体の導入プロジェクト費用は分けて読み、3,000万〜7,000万円級のケースや、それを超える個別要件がある場合も。含有範囲を確認して判断します。
厚生労働省の中小病院向け電子カルテ標準仕様書は。
個別カスタマイズやオンプレミス構成が導入・保守費用を高くしやすい課題を示しています。
（出典: 厚生労働省「中小病院向け電子カルテ及びレセプトコンピュータ標準仕様書（基本要件）
第1.0版」、2026年）。
大規模な個別開発は数千万円〜数億円に及ぶ可能性がありますが、公開された電子カルテ固有の一律相場があるわけではないため。要件と工数を分けた見積もりで確認します。
電子カルテシステムの費用内訳は何ですか？
見積書の金額を比較するには、電子カルテ本体と周辺作業を分けて確認します。初期費用が安く見えても、
移行や連携、研修、稼働立会いが別項目になっていることがあります。反対に、初期費用が高くても、
端末や保守、アップデートを含む場合は、5年TCOで見ると差が縮まることがあります。
初期費用にはライセンス・環境構築・移行・教育が含まれます
- 確認対象：この見出しで扱う範囲と前提を整理します。
- 比較の観点：初期・継続・追加の要素を分けて確認します。
- 判断の基準：自社の要件と運用体制に照らして検討します。
初期費用として確認する項目は、ソフトウェアライセンス、クラウド環境またはサーバー、端末、ネットワーク設定、認証・バックアップ、マスタ整備。
旧システムからのデータ移行、各種連携設定、操作研修、受入テスト、稼働立会いです。
医事会計、PACS、検査機器、予約、問診、オンライン資格確認、電子処方箋などを接続する場合は、接続先ごとの設定・試験・調整費が追加される可能性があります。データ移行は特に差が出やすい項目です。
患者基本情報だけを移すのか、処方・検査・診療履歴を何年分移すのか、画像やPDFを参照できる状態にするのかで、抽出、変換、名寄せ、検証の工数が変わります。
全件移行を当然とせず、日常診療で参照する期間と、旧システムを閲覧専用で残す期間を決めると、移行費用と切替リスクを両方抑えやすいです。
ランニングコストは月額だけでなく運用全体で見ます
- 確認対象：この見出しで扱う範囲と前提を整理します。
- 比較の観点：初期・継続・追加の要素を分けて確認します。
- 判断の基準：自社の要件と運用体制に照らして検討します。
ランニングコストには、月額利用料、追加ユーザー・端末のライセンス、クラウド保管、通信回線、保守サポート、バックアップ、セキュリティ監視、制度改定対応。
障害時の復旧支援、端末の更新、追加連携が含まれます。
オンプレミスではサーバー保守や更新、電源・バックアップ設備、パッチ適用などの管理負担が自院側に残りやすく。クラウドではサービス利用料と契約上の責任分界を確認する必要があります。
たとえばAHISの公開料金は、端末10台構成で月額245,850円（税込）〜ですが、端末追加、医事会計、Microsoft Office。ネットワーク、各部門システムとの連携は条件確認が必要です。
月額だけを複数か月分掛けるのではなく、初期費用と別途費用を加え、契約更新、解約、データ返却、価格改定の条件まで含めてTCOを算出します。
電子カルテシステムの価格が変動する要因は何ですか？
同じ電子カルテシステムでも、施設条件によって見積もりは変わります。価格を下げる目的で必要な機能を削ると、
現場の二重入力や手作業が増え、導入後の改善費用がかえって高くなる場合があります。
費用を左右する要因を先に明文化し、削ってよいものと削ってはいけないものを分けて検討します。
施設規模・診療科・端末数が基本価格を左右します
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- 比較の観点：初期・継続・追加の要素を分けて確認します。
- 判断の基準：自社の要件と運用体制に照らして検討します。
患者数、診療科、病床数、拠点数、同時接続数、医師・看護師・医事職員のユーザー数は、ライセンスやサーバー、ネットワークの規模に直結します。
外来中心の無床診療所と、複数病棟を持つ病院では、同じ「電子カルテ」という名称でも必要な業務範囲が違います。
訪問診療、健診、透析、リハビリ、救急、手術などの特殊業務を含めるほど、標準機能との差分整理が必要です。
連携・カスタマイズ・セキュリティ要件で費用が増えます
- 確認対象：この見出しで扱う範囲と前提を整理します。
- 比較の観点：初期・継続・追加の要素を分けて確認します。
- 判断の基準：自社の要件と運用体制に照らして検討します。
レセコン、PACS、検査機器、薬局、予約・問診、地域連携、電子処方箋、電子カルテ情報共有サービスを接続する場合は、APIや標準規格の対応状況を確認します。
独自形式のデータ連携や画面改修は、インターフェース設計、開発、結合テスト、障害時の切り分けを増やします。
厚生労働省の電子カルテ情報共有サービスは、診療情報提供書、健診結果、臨床情報。患者サマリーなどを医療機関や本人が閲覧できる仕組みです（出典: 厚生労働省「電子カルテ情報共有サービス」、2026年）。
将来連携を後付けする場合の改修費も、計画段階で確認します。
多要素認証、権限分離、操作ログ、暗号化、バックアップ、災害復旧、脆弱性診断、24時間監視、インシデント対応を求めるほど、設計・運用費は増える可能性があります。
クラウドならベンダーが担う範囲、オンプレミスなら自院が担う範囲を契約書とSLAで明確にし、安価な見積もりの裏側に運用負担が隠れていないかを確認します。
電子カルテシステムの開発・導入はどのように進めますか？
電子カルテシステムの導入期間は、標準機能中心の診療所なら数週間〜3か月程度、病院の移行・部門連携を含む場合は6〜18か月以上を見込むことがあります。
公開例ではCLIUS Directに最短5日の開通例がありますが、これはレクチャーや連携設定を含む全施設の導入期間ではありません。
期間を短くするほど、要件定義や現場テストを削らないように注意します。
要件定義では現場業務と将来連携を同時に整理します
- 確認対象：この見出しで扱う範囲と前提を整理します。
- 比較の観点：初期・継続・追加の要素を分けて確認します。
- 判断の基準：自社の要件と運用体制に照らして検討します。
最初に、受付から診察、検査、処方、会計、退院までの業務を、職種・診療科・時間帯ごとに棚卸しします。必須機能、あれば便利な機能、既存運用を変えてもよい部分を分けると、カスタマイズの過剰発注を防げます。
同時に、レセコン、PACS、検査機器、オンライン資格確認、電子処方箋、電子カルテ情報共有サービスの接続条件と、標準規格・APIの対応時期を確認します。
候補を3社程度に絞ったら、同じ患者・同じ診療シナリオでデモを依頼します。
画面の見た目ではなく、入力クリック数、過去カルテの検索速度、二重入力の有無、権限設定、ログ閲覧、障害時の紙運用、データ出力の方法を確認してください。
口頭説明だけでなく、サンプルデータを使った移行テストを見積もり前に実施すると、後から発生する追加費用を減らせます。
移行・受入テスト・教育を工程から外さないようにします
- 確認対象：この見出しで扱う範囲と前提を整理します。
- 比較の観点：初期・継続・追加の要素を分けて確認します。
- 判断の基準：自社の要件と運用体制に照らして検討します。
契約後は、詳細設計、設定・開発、データ抽出と変換、連携テスト、現場受入テスト、教育、並行稼働、切替、稼働後の改善という順で進めます。
病院では一度に全施設を切り替えず、1診療科や1拠点で検証してから段階展開する方法もあります。並行稼働の期間や休日の切替体制は、作業費だけでなく医療安全と業務継続の観点で見積もりに含めます。
現場教育は、操作説明会を一度行うだけでは定着しません。医師、看護師、医療事務、検査、薬剤など職種ごとのシナリオを用意し、入力できるか、検索できるか、エラー時に復旧できるかを確認します。
電子カルテは診療業務の中心になるため、テスト工程を削って稼働後に修正するより、受入基準と未解決事項を明確にしてから切り替えるほうが、追加コストを抑えやすいです。
電子カルテシステムのコストを最適化するポイントは何ですか？
コスト最適化の基本は、機能を一律に削ることではなく、標準機能を活用しながら業務の優先順位を決めることです。
医療現場の入力負担、安全性、将来の制度対応を損なう削減は、導入後の改修や運用負担を増やします。
初期費用、月額、5年TCO、導入後の生産性を同じ条件で比較します。
標準機能・段階導入・移行範囲の見直しで抑えられます
- 確認対象：この見出しで扱う範囲と前提を整理します。
- 比較の観点：初期・継続・追加の要素を分けて確認します。
- 判断の基準：自社の要件と運用体制に照らして検討します。
個別画面や帳票を最初からすべて再現せず、標準機能で業務を運用できる範囲を見極めます。独自仕様を残す場合も、法令・診療報酬・医療安全に関わるものと、単に慣れているだけのものを分けます。
既存カルテの全履歴を移行する代わりに、直近の診療情報を新システムへ移し、過去データは参照用に保存する方法は、変換・検証の工数を抑える選択肢になります。
診療所なら標準クラウドから始め、必要な連携だけ追加する方法が合います。
病院なら、全病棟を一括導入するのではなく、対象部門を分けた段階導入、共通マスタの先行整備、機器連携の優先順位付けが有効です。
将来機能をすべて初期契約に含めるのではなく、実際の利用量と効果を確認してから追加することで、初期投資を平準化できます。
契約とTCOを見直して将来の追加費用を抑えます
- 確認対象：この見出しで扱う範囲と前提を整理します。
- 比較の観点：初期・継続・追加の要素を分けて確認します。
- 判断の基準：自社の要件と運用体制に照らして検討します。
見積もりの段階で、月額に含まれるアップデート、制度改定対応、バックアップ、問い合わせ、障害復旧、操作研修の範囲を明記してもらいます。
追加端末やユーザーの単価、連携先ごとの費用、訪問支援の単価、データ抽出・返却費用、契約終了後の閲覧方法も確認します。
後から価格改定される条件や、最低契約期間、自動更新、解約予告期間が不明な契約は、5年TCOを正しく計算できません。
補助金は自己負担を下げる可能性がありますが、交付決定前の契約が対象外になる制度や、対象経費・補助率・申請期限が年度ごとに異なる制度があります。
東京都の資料でも、100床病院の基準額や補助率、無床診療所の実支出額を用いたケースが別々に示されています。
補助金を前提にベンダーを決めるのではなく、採択されなかった場合の総額と、補助対象外の保守・連携・端末費用まで確認します。
電子カルテシステムの見積もりを比較するときのポイントは何ですか？
相見積もりでは、同じ要件を同じ粒度で渡さなければ価格比較ができません。製品名と総額だけを並べるのではなく、
標準機能、追加開発、移行、連携、教育、保守、運用開始後の追加費用を同じ項目で確認します。
安い見積もりが優れているとは限らず、含まれない作業が多いだけの場合もあります。
RFPには患者数・端末数・移行範囲・連携先を記載します
- 確認対象：この見出しで扱う範囲と前提を整理します。
- 比較の観点：初期・継続・追加の要素を分けて確認します。
- 判断の基準：自社の要件と運用体制に照らして検討します。
見積もり依頼書には、施設区分、病床数、診療科、年間患者数、医師・看護師・医事職員の人数、拠点数、端末数、同時接続数、利用時間帯を記載します。
現在利用中のレセコン、PACS、検査機器、予約・問診、オンライン資格確認、電子処方箋の製品名と連携方法も必要です。
データ移行は、対象項目、対象期間、画像・PDFの扱い、旧システムの参照期間を明記します。
非機能要件として、稼働時間、目標復旧時間、バックアップ世代、災害時の切替、権限管理、監査ログ、多要素認証、脆弱性対応、データの保管場所。契約終了時の返却形式を記載します。
厚生労働省の標準仕様書には、データ移行レイアウトや連携共通仕様の例も示されています。標準仕様への対応可否を早い段階で確認すると、将来の改修費やベンダーロックインのリスクを比較しやすいです。
ベンダーの責任範囲と契約終了時の条件を確認します
- 確認対象：この見出しで扱う範囲と前提を整理します。
- 比較の観点：初期・継続・追加の要素を分けて確認します。
- 判断の基準：自社の要件と運用体制に照らして検討します。
ベンダー選定では、価格だけでなく、医療機関と開発会社の役割分担を確認します。
要件定義、マスタ作成、データ抽出、移行検証、端末設定、現場教育、稼働立会い、障害対応、制度改定対応の担当者が誰かを明確にします。
クラウドの場合は、セキュリティ更新、バックアップ、インシデント発生時の連絡、復旧目標、ログの提供範囲を契約とSLAに落とし込みます。
また、契約終了時にデータをどの形式で、いくらで、何日以内に返却できるかを確認します。
独自形式のままでは次のシステムへ移れず、乗り換え時に追加費用が発生する可能性があります。
候補ベンダーには、導入実績のある施設規模、同種の診療科、移行事例、障害時の対応実績、保守窓口の時間帯を同じ質問票で尋ねると、比較の納得度が高まります。
電子カルテシステムの費用に関するよくある質問
電子カルテシステムの費用を検討するときは、公開料金の読み方、開発とパッケージの違い、
補助金の扱い、クラウドの契約条件がよく問題になります。ここでは、見積もり前に確認しておきたい代表的な質問に直接回答します。
診療所の電子カルテシステムは100万円以下で導入できますか？
標準機能中心のクラウド型なら、初期費用0〜30万円程度の公開例がありますが、100万円以下で収まるかは施設条件によります。
端末、通信、移行、連携、訪問支援、教育、レセコンの条件を加えると、無床診療所の実支出額200万円という公的資料の活用例に近づく場合もあります。
公開料金をそのまま予算上限にせず、含まれない費用を足して判断します。
クラウドとスクラッチ開発ではどちらが安いですか？
- 確認対象：この見出しで扱う範囲と前提を整理します。
- 比較の観点：初期・継続・追加の要素を分けて確認します。
- 判断の基準：自社の要件と運用体制に照らして検討します。
標準業務が中心なら、クラウドやパッケージのほうが初期費用と導入期間を抑えやすいです。
独自の病棟運用や複数拠点連携が重要な場合は個別開発が必要になることがありますが、開発費だけでなく、医療制度の改定、セキュリティ更新、監査。保守を継続して負担します。
初期価格ではなく、5年分の導入・運用・改修を比較して選びます。
電子カルテシステムの補助金を使えば自己負担は下がりますか？
- 確認対象：この見出しで扱う範囲と前提を整理します。
- 比較の観点：初期・継続・追加の要素を分けて確認します。
- 判断の基準：自社の要件と運用体制に照らして検討します。
補助対象になれば自己負担は下がる可能性がありますが、補助率、基準額、対象経費、申請期限、交付決定前の契約可否は制度ごとに異なります。
東京都の2025年資料では、200床未満の病院の補助率4分の3や、無床診療所の実支出額200万円を用いた例が示されていますが。他地域や他年度にそのまま適用できません。
補助金なしでも成立する予算を作り、採択後に自己負担を再計算します。
過去の電子カルテデータはすべて移行したほうがよいですか？
すべてを移行する必要があるとは限りません。診療に頻繁に使う患者基本情報、アレルギー、
処方、検査、直近の診療履歴を優先し、古い画像や文書は参照用に保存する方法もあります。
移行対象期間、対象項目、旧システムの閲覧期間、データ返却形式を先に決め、サンプル移行で精度と費用を確認します。
電子カルテシステムの費用相場・見積もりのまとめ
電子カルテシステムの費用は、施設規模と導入範囲で大きく変わります。小規模診療所のクラウド型では初期0〜30万円程度・月額1.2万〜2万円台の公開例、
無床診療所では実支出額200万円の活用例、100床病院では実支出額7,000万円の活用例があります。
いずれも条件付きの参考値であり、自院の見積もりを代替するものではありません。
費用は初期価格ではなく5年TCOで判断します
比較するときは、ライセンスや月額だけでなく、端末・ネットワーク、データ移行、連携、
研修、稼働立会い、保守、制度対応、契約終了時のデータ返却まで含めます。標準機能を活用し、
移行範囲と連携優先順位を整理し、候補3社程度に同じ条件で見積もりを依頼すると、価格差の理由が見えやすくなります。
最初に作るべきものは機能一覧ではなく見積もり条件です
- 確認対象：この見出しで扱う範囲と前提を整理します。
- 比較の観点：初期・継続・追加の要素を分けて確認します。
- 判断の基準：自社の要件と運用体制に照らして検討します。
まず施設規模、診療科、端末数、現行システム、移行対象、連携先、必要なセキュリティ水準、切替希望時期を整理します。
そのうえで、標準パッケージ、クラウド、既存カルテへの連携基盤、個別開発を比較し、現場の受入テストと障害時運用を含む提案を選びます。
電子カルテシステムは診療の継続性に関わるため、安さだけでなく、導入後に安全に使い続けられる費用と体制を基準に判断することが大切です。▼全体ガイドの記事
・電子カルテシステム開発の完全ガイド
会社紹介
株式会社riplaでは、お客様の事業・ユーザー・業務に最適化したオーダーメイド型システムを、構想策定・要件定義から開発・改善まで一気通貫で支援。事業会社でIT・DXを経験したプロフェッショナルによる高い要件定義力・システム設計力を活かし、事業成果の最大化に伴走します。
また、当社独自の開発テンプレート「Boxシリーズ」による標準機能の高速開発と、AI駆動開発の独自フレームワーク「GoDD」による独自機能のAI実装を組み合わせることで、低コスト・短期間で開発を実現いたします。
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株式会社ripla 代表取締役CEOとして、システムパッケージ活用、システム開発、データ分析、生成AI活用、SaaS開発、アプリ開発、EC構築など、幅広い領域で企業のDX推進と事業成長を支援している。事業会社でIT・DXを経験したプロフェッショナルが集う株式会社riplaにおいて、お客様の事業・ユーザー・業務に最適化したオーダーメイド型システムを構想策定・要件定義から開発・改善まで一気通貫で支援し、単なるシステム納品にとどまらず、クライアントと同じ目線で事業成果の最大化に向けた伴走支援を行う。早稲田大学卒業後、ラクスル株式会社、LINEヤフー株式会社にて事業開発やDX推進などに従事した後、株式会社riplaを創業。