電子カルテシステムの費用は、施設規模、端末数、連携範囲で大きく変わります。標準クラウドは初期0〜30万円程度から、個別開発は数億円まで幅があります。
まずは施設条件ごとに目安を見ていきます。診療所と病院、クラウドとオンプレミスで前提が大きく異なるためです。
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電子カルテシステムの費用相場の考え方
費用相場は、診療所か病院か、クラウドかオンプレミスかで分けて考えます。
公開料金や公的資料の実支出例を目安にしつつ、含まれる範囲と含まれない範囲を確認することが出発点になります。そのうえで、施設ごとに、標準機能で足りるか個別開発が必要かを見極めます。
診療所と病院で異なる必要な機能と費用
診療所と病院では、必要になる機能の広さが大きく違い、それが費用の差につながります。
- 診療所：診療記録や処方などが中心
- 病院：外来・入院や部門間の連携が広範囲
- 病院の規模：端末数や同時接続数も増加
診療所では、患者情報・診療記録・処方・検査・レセコン・オンライン資格確認などが中心です。
標準化されたクラウドサービスであれば、電子カルテは短期間で導入しやすいです。
病院では、看護・薬剤・検査との連携が増えます。さらに、ライセンス・ネットワーク・移行・テスト・教育の工数も膨らみやすいです。
連携先には、次のものも加わります。
- 画像
- リハビリ
- 病棟管理
- 手術
- 退院サマリー
比較の出発点としての公開料金
公開料金は、初期費用や月額、端末構成などの条件を分けて比べます。
- CLIUS Direct：初期費用0円〜、月額19,800円
- AHIS：端末10台構成で月額245,850円（税込）〜
CLIUS Directは最短5日の開通例で、小規模診療所のクラウド型の下限側を考える参考になります。ただし、レクチャー・追加端末・連携設定・訪問支援は別条件の場合があり、病院向けの導入費には置き換えられません。
AHISの参考価格は、中小病院向けスタンダードプランのものです。
初期費用・端末・ネットワーク・医事会計・部門連携は、別途確認が必要です。
月額が公開されていても、初期費用や外部システム費用を含むとは限りません。だからこそ、料金表に含まれる範囲を読み分けます。
電子カルテシステムの費用の目安
公開料金と特定事例では、小規模診療所の数十万円規模から、無床診療所の数百万円規模、100床前後の病院の数千万円規模まで広がります。
全国一律の定価ではなく、企画段階の目安です。
見積もりでは施設条件を揃えて再計算します。また、金額に含まれる機器や支援、連携の範囲も確かめます。
小規模診療所のクラウド型の初期費用は0〜30万円程度が目安
標準機能中心のクラウド型について、公開料金の目安をまとめます。
- 公開料金の幅：初期0〜30万円程度、月額1.2万〜2万円台
- CLIUS Direct：初期0円〜、月額19,800円
- 5年間の利用料：月額19,800円の場合は約119万円
端末・通信回線・設定支援・データ移行・レセコン以外の連携・職員教育を加えると、総額は変わります。
クラウド型は自院でサーバーを購入しないため、初期投資を抑えやすいです。一方で、利用人数・端末台数・オプション・訪問サポートによって、費用が増える場合もあります。
月額だけで判断せず、導入時の作業費と5年間の運用費を一つの表にまとめます。
病院の導入費の幅は数百万円から数千万円規模
公開資料や個別開発の金額は、条件の違いを踏まえて参考にします。
- 無床診療所：東京都の2025年資料に実支出額200万円の活用例
- 100床病院：同資料に実支出額7,000万円の活用例
無床診療所の例は補助制度の活用例で、全国の標準価格ではなく、機器や開発・取付、入力代行などを含む導入費の参考です。
補助率や対象経費は年度と地域で異なるため、契約前に最新の制度を確認します。
病院の例には、機器・ネットワーク・部門連携・データ移行・導入支援などを含むことがあります。
パッケージ本体と病院全体の導入費は、分けて読みます。
3,000万〜7,000万円級や、それを超える個別要件の見積もりも、含まれる範囲を確認します。
厚生労働省の標準仕様書は、個別カスタマイズやオンプレミス構成が導入・保守費用を高めやすい課題を示します（出典：厚生労働省「中小病院向け電子カルテ及びレセプトコンピュータ標準仕様書（基本要件）第1.0版」、2026年）。
大規模な個別開発は3,000万円〜数億円に及ぶ可能性があります。相場は一律ではないため、要件と工数を分けた見積もりで確かめます。
電子カルテシステムの費用内訳
見積書では、電子カルテ本体と周辺作業を分けて読みます。
初期費用が安くても、移行・連携・研修・稼働立会いが別項目になっている場合があります。
一方で、初期費用が高くても、端末や保守、アップデートを含む場合があります。5年TCOで比べると、価格差が縮まることもあります。
初期費用に含まれるライセンス・環境構築・移行・教育
初期費用では、ライセンス料や環境構築の費用に加えて、端末や移行などの作業が見積もりに入っているかを確認します。
- 環境：クラウドまたはサーバー、ネットワーク、認証、バックアップ
- データ：マスタ整備と旧システムからの移行
- 連携：医事会計、PACS、検査機器、予約、問診など
- 導入：操作研修、受入テスト、稼働立会い
オンライン資格確認や電子処方箋などをつなぐ場合は、接続先ごとに設定・試験・調整の費用が追加される可能性があります。
データ移行の工数は、患者基本情報だけを移すか、処方・検査・診療履歴も含めるかで変わります。移行範囲によって、抽出や変換、名寄せ、検証の手間も増減します。画像やPDFを参照できるようにするかも、あわせて決めます。
データ移行は全件を前提にせず、日常診療で参照する期間を決めます。そのうえで、旧システムを閲覧専用で残す期間も決めると、移行費用と切替リスクの両方を抑えやすくなります。
月額だけでなく運用全体で見るランニングコスト
ランニングコストは、利用料に加えて、端末や保守、セキュリティ、制度対応などを含みます。
- 利用環境：追加ライセンス、クラウド保管、通信回線
- 保守：バックアップ、監視、障害時の復旧支援
- 更新：制度改定対応、端末更新、追加連携
オンプレミスの場合は、サーバー更新や電源・バックアップ設備、パッチ適用の負担が自院に残りやすくなります。
クラウド型では、どこまでをベンダーが担い、どこから自院が担うかを契約上で確認します。
AHISは端末10台構成で月額245,850円（税込）〜です。ただし、端末の追加・医事会計・Microsoft Office・ネットワーク・部門連携は、条件の確認が必要です。
5年TCOでは、月額の60か月分に初期費用と別途費用を加えます。契約更新や解約、データ返却、価格改定の条件も含めて、TCOを算出します。
電子カルテシステムの価格を変動させる要因
同じシステムでも、施設条件によって見積もりは変わります。必要な機能を削ると二重入力や手作業が増え、改善費用が高くなる場合があります。
費用を左右する要因を書き出し、削ってよいものと残すものを分けて検討します。
基本価格を左右する施設規模・診療科・端末数
患者数や病床数、拠点数は、ライセンスやサーバー、ネットワークの規模に直結します。同時接続数や職員数も、規模を左右する要素です。
診療科の構成によっても、必要な業務範囲は変わります。外来中心の無床診療所と複数病棟の病院では、その広さが大きく異なります。
特殊業務を含むほど、標準機能との差分を整理する必要があります。対象となる特殊業務には、訪問診療・健診・透析・リハビリ・救急・手術などがあります。
費用を増やす連携・カスタマイズ・セキュリティ要件
システム連携では、APIや標準規格への対応状況を確認します。独自形式や画面改修は、設計や開発、結合テスト、障害時の切り分けの作業を増やします。
- 連携先：レセコン、PACS、検査機器、薬局
- 診療支援：予約・問診、地域連携、電子処方箋
- 情報共有：電子カルテ情報共有サービス
厚生労働省の電子カルテ情報共有サービスでは、診療情報提供書・健診結果・臨床情報・患者サマリーなどを、医療機関や本人が閲覧できます（出典：厚生労働省「電子カルテ情報共有サービス」、2026年）。
将来連携を後から追加する場合は、その改修費も計画段階で確認しておきます。
多要素認証・権限分離・操作ログ・暗号化などの要件も、設計費に影響します。
バックアップ・災害復旧・脆弱性診断・24時間監視・インシデント対応を求めるほど、運用費が増える可能性があります。
クラウドではベンダーが担う範囲を、オンプレミスでは自院が担う範囲を、契約書とSLAで明確にします。安価な見積もりに隠れた運用負担がないかも確かめます。
電子カルテシステムの開発・導入の進め方
標準機能中心の診療所は数週間〜3か月程度、移行や部門連携を含む病院は6〜18か月以上かかることがあります。CLIUS Directには最短5日の開通例がありますが、レクチャーや連携設定を含む全施設の導入期間ではありません。
導入期間を短くする場合も、要件定義や現場テストは省かないようにします。
要件定義での現場業務と将来連携の整理
まず、受付から退院までの業務を、職種・診療科・時間帯ごとに洗い出します。
- 必須機能：導入時に必要な機能
- 追加候補：あれば便利な機能
- 変更可能な運用：既存運用を変えてもよい部分
この区分を決めておくと、必要以上のカスタマイズを発注せずに済みます。
レセコン、PACS、検査機器などの接続条件も、同時に確認します。
オンライン資格確認や電子処方箋、電子カルテ情報共有サービスについては、標準規格やAPIへの対応時期も確認します。
候補を3社程度に絞り、同じ患者や診療の流れを想定したデモを依頼します。見た目より、入力のクリック数や過去カルテの検索速度を確かめます。
二重入力の有無・権限設定・ログ閲覧・障害時の紙運用・データの出力方法も確認します。
口頭の説明だけに頼らず、見積もり前にサンプルデータで移行テストを行えば、後から発生する追加費用を減らせます。
工程に含める移行・受入テスト・教育
契約後は、設計から稼働後の改善まで、移行とテストを含めた工程を順に進めます。
- 詳細設計、設定・開発
- データ抽出・変換、連携テスト
- 現場受入テスト、教育、並行稼働
- 切替、稼働後の改善
病院では、1診療科や1拠点で先に検証してから、段階的に広げる方法もあります。
並行稼働や休日の切替体制は、作業費と医療安全、業務継続の観点から見積もります。
現場の教育は、操作説明会を一度開くだけでは定着しにくいものです。そのため、医師・看護師・医療事務・検査・薬剤など、職種ごとのシナリオを用意します。
テストでは、入力や検索、エラー時の復旧を確認します。電子カルテは診療の中心にあるため、テストを削って稼働後に修正するより、受入基準と未解決事項を明確にしてから切り替えるほうが、追加費用を抑えやすくなります。
電子カルテシステムのコストを抑えるポイント
コストを抑えるために機能を一律に削るのは避け、標準機能を使いながら業務の優先順位を決めます。医療現場の入力負担や安全性、将来の制度対応を損なうと、導入後の改修や運用の負担が増えます。
初期費用や月額、5年TCO、導入後の生産性は、同じ条件をそろえて比べます。
標準機能・段階導入・移行範囲の見直し
個別の画面や帳票をすべて再現せずに、標準機能で運用できる範囲を見極めます。独自仕様は、法令・診療報酬・医療安全に関わるものと、慣習によるものに分けます。
- 移行範囲：直近の診療情報を移し、過去分は参照用に保存
- 診療所：標準クラウドから始め、必要な連携を追加
- 病院：全病棟一括ではなく部門ごとに段階導入し、共通マスタを先行整備
全履歴の移行を避ければ、変換と検証の工数を抑えられます。病院では、機器連携にも優先順位を付けます。
将来の機能は初期契約にすべて含めず、利用量と効果を確かめてから追加します。そうすれば、初期投資を平準化できます。
将来の追加費用を抑える契約とTCOの見直し
5年TCOを正しく見積もるため、見積もりの段階で、月額の対象範囲と契約条件を項目ごとに明記してもらいます。
- 月額に含む範囲：更新、制度改定、バックアップ、問い合わせ、復旧、研修
- 追加費用：端末・ユーザー・連携先・訪問支援の単価
- 契約終了：データ返却費用と終了後の閲覧方法
- 契約条件：価格改定、最低契約期間、自動更新、解約予告期間
これらの契約条件が分からないままでは、5年TCOを正しく計算できません。
補助金で自己負担が下がる可能性はあります。ただし、交付決定前の契約が対象外になる制度もあります。対象経費や補助率、期限も、年度ごとに異なります。
東京都の資料では、100床病院の基準額や補助率と、無床診療所の実支出額を使った例が別々に示されています。採択されなかった場合の総額も、あわせて確認します。
補助対象外となる保守や連携、端末の費用も確認し、補助金を前提にベンダーを決めないようにします。
電子カルテシステムの見積もりの比べ方
相見積もりでは、同じ要件を同じ粒度で各社に渡し、標準機能・追加開発・移行の費用を同じ項目ごとに見ていきます。製品名と総額だけで比べると、含まれていない作業を見落としやすくなります。見落としやすいのは次の項目です。
- 連携
- 教育
- 保守
- 運用開始後の追加費用
安い見積もりが、必ずしも優れているとは限りません。含まれていない作業が多いだけの場合もあります。
RFPに記載する患者数・端末数・移行範囲・連携先
見積もり依頼書には、施設区分・病床数・診療科・年間患者数を記載します。職員数・拠点数・端末数・同時接続数・利用時間帯も、あわせて示します。
現行のレセコンやPACS、検査機器の製品名と連携方法も必要です。予約・問診、オンライン資格確認、電子処方箋も、製品名と連携方法を書き添えます。
移行の対象項目と期間、画像・PDFの扱い、旧システムの参照期間は、明記しておきます。非機能要件も、あわせて具体的にします。
- 稼働・復旧：稼働時間、目標復旧時間、災害時の切替
- 保護・管理：バックアップ世代、権限、監査ログ、多要素認証
- 契約終了：データ保管場所と返却形式
脆弱性対応も要件に含めます。
厚生労働省の標準仕様書には、データ移行レイアウトや連携共通仕様の例があります。
標準仕様への対応可否を早めに確かめておくと、将来の改修費やベンダーロックインのリスクを比べられるようになります。
ベンダーの責任範囲と契約終了時の条件
価格だけでなく、医療機関と開発会社がどこまでを受け持つかという役割分担を確認します。工程ごとに担当者も決めておきます。
- 導入：要件定義、マスタ作成、データ抽出・移行検証
- 現場展開：端末設定、教育、稼働立会い
- 運用：障害対応、制度改定対応
クラウドの場合は、セキュリティ更新・バックアップ・事故連絡・復旧目標・ログ提供範囲を、契約とSLAに落とし込みます。
契約を終えるときは、データをどの形式で、いくらで、何日以内に返すかも確認します。
独自形式のデータだと、乗り換えの際に追加費用がかかる可能性があります。
導入実績のある施設規模・診療科・移行事例・障害対応の実績・保守窓口の時間帯を、同じ質問票で尋ねると比べやすくなります。
電子カルテシステムの費用に関するよくある質問
電子カルテシステムの費用では、公開料金の読み方・開発とパッケージの違い・補助金の扱い・クラウド契約の条件が論点になります。見積もり前に確認したい代表的な質問に、それぞれ直接答えます。
診療所の電子カルテシステムは100万円以下で導入できますか？
100万円以下で収まるかは、施設条件によって変わります。公開料金と個別条件を分けて、費用例を見ていきます。
- 公開例：標準機能中心のクラウド型は初期費用0〜30万円程度
- 100万円以下の導入：施設条件によっては収まらない場合もある
- 追加費用：公開額を上限とせず、端末、通信、移行、連携、訪問支援、教育、レセコンも加えて判断。実支出額200万円の例に近づく場合もある
クラウドとスクラッチ開発ではどちらが安いですか？
標準業務に合うか、独自の運用が必要かで、比べ方が変わります。
- クラウド・パッケージ：標準業務中心なら初期費用と導入期間を抑えやすい
- 個別開発：独自の病棟運用や複数拠点連携で必要な場合がある
- 継続費用：制度改定、セキュリティ更新、監査、保守も発生する
初期価格ではなく、5年分の導入・運用・改修費で比べます。
電子カルテシステムの補助金を使えば自己負担は下がりますか？
補助の対象であれば、自己負担が下がる可能性があります。ただし、補助率・基準額・対象経費・申請期限・交付決定前の契約の可否は、制度ごとに異なります。
東京都の2025年資料では、100床病院（200床未満は補助率4分の3）の例と、無床診療所の実支出額200万円の例が示されています。この数字は、他の地域や年度にはそのまま適用できません。
補助金がなくても成り立つ予算を作り、採択後に自己負担を計算し直します。
過去の電子カルテデータはすべて移行したほうがよいですか？
すべてを移行する必要があるとは限りません。診療で頻繁に使う患者情報・アレルギー・処方・検査・直近の診療履歴を、優先して移します。
古い画像や文書は、参照用に保存する方法もあります。そのうえで、移行対象の期間と項目、旧システムの閲覧期間、返却形式を決めます。
サンプル移行で、データの精度と費用を確かめます。
電子カルテシステムの費用相場・見積もりのまとめ
費用は施設規模と導入範囲で変わります。たとえば、小規模診療所のクラウド型では、初期0〜30万円程度・月額1.2万〜2万円台の公開例があります。
また、無床診療所は実支出額200万円、100床病院は7,000万円の活用例があります。いずれも条件付きの参考値であり、個別見積もりを代替するものではありません。
費用の判断基準は初期価格ではなく5年TCO
比較では、ライセンスや月額に加えて、端末・ネットワーク・移行・連携の費用も含めます。研修や稼働立会い、保守、制度対応も、同じ表に入れます。
契約を終えるときのデータ返却も、費用に含めます。標準機能を活用しながら、移行範囲と連携の優先順位を整理します。
候補3社程度に同じ条件で見積もりを依頼すると、価格差の理由が見えやすくなります。
機能一覧より先に作る見積もり条件
見積もりを頼む前に、施設や運用の条件を先に整理しておきます。
- 施設：規模、診療科、端末数
- システム：現行システム、移行対象、連携先
- 運用：必要なセキュリティ水準、切替希望時期
標準パッケージやクラウド、既存カルテへの連携基盤、個別開発を比べます。そのうえで、現場の受入テストと障害時の運用まで含む提案を選びます。
電子カルテは診療の継続に関わるため、安さだけでなく、安全に使い続けるための費用と体制で判断します。
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会社紹介
株式会社riplaでは、お客様の事業・ユーザー・業務に最適化したオーダーメイド型システムを、構想策定・要件定義から開発・改善まで一気通貫で支援。事業会社でIT・DXを経験したプロフェッショナルによる高い要件定義力・システム設計力を活かし、事業成果の最大化に伴走します。
また、当社独自の開発テンプレート「Boxシリーズ」による標準機能の高速開発と、AI駆動開発の独自フレームワーク「GoDD」による独自機能のAI実装を組み合わせることで、低コスト・短期間で開発を実現いたします。
もし、システム開発やプロダクト開発に関するご要望がございましたら、お気軽にお問い合わせください。
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株式会社ripla 代表取締役CEOとして、システムパッケージ活用、システム開発、データ分析、生成AI活用、SaaS開発、アプリ開発、EC構築など、幅広い領域で企業のDX推進と事業成長を支援している。事業会社でIT・DXを経験したプロフェッショナルが集う株式会社riplaにおいて、お客様の事業・ユーザー・業務に最適化したオーダーメイド型システムを構想策定・要件定義から開発・改善まで一気通貫で支援し、単なるシステム納品にとどまらず、クライアントと同じ目線で事業成果の最大化に向けた伴走支援を行う。早稲田大学卒業後、ラクスル株式会社、LINEヤフー株式会社にて事業開発やDX推進などに従事した後、株式会社riplaを創業。