人事給与システム開発の費用は、業務範囲、勤務形態、連携・移行の量によって、300万〜4,000万円程度の幅で変わります。
目安は、小規模な刷新が300万〜1,500万円程度、標準的な統合刷新が1,500万〜4,000万円程度です。全体像は、人事給与システム開発の完全ガイドもご覧ください。
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人事給与システムの全体像
人事給与システムは、人事マスタを起点に就業ルールと給与計算を連動させる業務基盤です。そのため費用は、給与計算に加えて、周辺システムとの連携と独自ルールの再現も含めて見る必要があります。
人事情報と給与計算をまとめて管理する仕組み
人事給与システムでは、住所や扶養の変更から給与振込までを、従業員情報の管理を起点に一つの流れでつなぎます。
- 従業員マスタ：氏名、住所、雇用区分、所属、職位、基本給、手当、扶養、異動、休職、退職の情報
- 給与・税務：勤怠締めから給与・賞与、社会保険、所得税、住民税、年末調整まで連動
- 出力・承認：給与明細、振込データ、残業承認、計算結果の確定
給与計算では、誰がいつどの規則とデータで計算したかを、後から説明できる履歴が必要です。そこで、過去の給与結果、マスタ変更、修正履歴、承認ログを保存しておくと、問い合わせや監査に答えやすくなります。
SaaS・パッケージ・スクラッチで異なる費用構造
方式によって、初期費用、運用の負担、独自ルールへの対応範囲が違います。
- SaaS：月額または年額で利用し、運用や法改正への更新の負担を抑えやすい
- パッケージ：標準機能を使い、設定や追加開発で差分を埋める
- スクラッチ：複数会社や独自規程、特殊な承認経路まで自由に設計できる
SaaSでも、特殊な手当や複雑な勤務形態は標準機能に合わせる必要があります。また、初期設定、データ移行、API連携、導入支援の費用が、利用料とは別に発生することもあります。
スクラッチでは、法改正への対応、セキュリティ、保守要員、障害対応を導入後も継続して担うことになります。
方式の比較は、初期費用の安さより、5年間の総保有コストと業務への合い方で見ることが大切です。
人事給与システムの費用相場とコストの内訳
受託開発の費用は、機能の数だけでなく、要件定義から保守までの工数で決まります。
NotebookLMの調査ベンチマークでは、要件が確定する前の概算レンジとして、次の費用が示されています。
小規模な刷新の費用は300万〜1,500万円程度
給与計算、給与明細、従業員マスタに絞り、勤怠や会計は既存サービスを使う場合の目安です。
- 下限に近い例：既存のSaaSやパッケージを設定して移行する場合
- 上限に近い例：独自計算式、複数連携、大量移行、画面追加がある場合
利用料、導入支援、端末、教育、並行稼働、旧システム整理は、金額に含まれない場合があります。そのため、見積書では「開発費」と「導入・移行費」を分けて、対象外の作業を確かめる必要があります。
標準的な統合刷新の費用は1,500万〜4,000万円程度
人事、勤怠、給与・賞与を中心に、次の業務も一体で刷新する場合の費用です。
- シフト
- 社会保険
- 年末調整
- 振込
- 会計
複数会社や拠点別の締め日、雇用区分別の計算があると費用は上がり、さらに海外出向や特殊手当があると、費用はいっそう高くなります。
- 要件定義：全体の10％
- 設計：全体の10〜20％
- 開発：全体の40〜60％
- テスト：全体の10〜20％
なお、この工程配分は調査ノートのベンチマークです。移行や管理も含め、全体費用で考えます。たとえば、開発費が2,000万円でも、その全額が開発作業だけに使われるわけではありません。
ライセンス料と保守費を含む5年TCO
クラウド製品の公開料金は、開発費の下限を考える材料になります。ただし、5年TCOでは利用料や保守も含めて比べます。
- freee人事労務：年払い月額相当は1人400円〜1,100円
- freee勤怠管理：1人月300円、初期費用なし
- 給与奉行クラウド：20名5,500円、50名9,000円、100名17,000円、300名23,000円、1,000名93,000円
- マネーフォワード：6名以上は5名超の人数に月300円
freeeの100名利用は、ライセンスだけで月4万〜14万円、年48万〜168万円程度です。
ただし、導入支援、移行、連携、オプションの費用は別途確認が必要です。
freeeの出典は公式料金ページです。
給与奉行クラウドの出典は株式会社オービックビジネスコンサルタント公式料金ページです。
いずれも2026年確認時点です。マネーフォワードの出典は株式会社マネーフォワード公式サポートです。また、給与奉行クラウドの掲載プランでは、初期費用が0円〜7万円です。
受託開発の保守運用費は、初期費用の年5〜15％程度を仮の前提として置いて考えます。ただし、インフラ、監視、問い合わせ、法改正、バックアップの範囲は会社ごとに異なります。脆弱性対応や追加改修も、含まれる範囲が会社によって違います。
比べるときは、5年間の利用料、保守、追加開発、社内担当者の工数を合計します。
人事給与システムの費用が変動する要因
同じ100名規模の会社でも、計算ルール、業務範囲、データ、連携、運用体制によって、見積もりは変わります。
従業員数・会社数・勤務形態による違い
人数が増えるほど、ライセンス費用やデータ量が増え、権限の設計やテストケースも多くなります。
- 会社・拠点：法人、事業所、店舗の数と、締め日・支払日の違い
- 雇用区分：正社員、契約社員、パート、アルバイト、役員の区分
- 勤務形態：夜勤、休日、深夜、休憩、変形労働時間制、36協定の上限
店舗ごとの承認経路も確認しておきます。
固定勤務向けの見積もりを、シフト制の企業へそのまま流用しないことが大切です。
連携数とデータ移行の難しさ
人事給与システムは、勤怠端末、会計・ERP、銀行、ワークフローなどと連携します。
- 連携方式：API、CSV、リアルタイム、月次のうちどれを使うか
- 連携先：ID管理、採用管理、福利厚生サービスを含む範囲
- 移行対象：給与、賞与、年末調整、税・社会保険、退職者データ
監査に必要な帳票を移すかどうかも、あわせて決めておきます。連携の仕様によって、設計、開発、運用の費用は変わります。また、Excelの表記揺れや重複、欠損、日付形式を整える作業は、別の費用になる場合があります。
セキュリティ・法改正・運用体制のコスト
給与情報やマイナンバーを扱うため、権限、MFAやSSO、暗号化、操作ログを要件に含めておく必要があります。
- 安全管理：バックアップ、障害時の復旧目標、委託先・再委託先
- データ管理：データ返却条件と担当者の限定
- 制度対応：税率、社会保険料率、年末調整、電子申請の変更
個人情報保護委員会の「特定個人情報の適正な取扱いに関するガイドライン（事業者編）」は、令和7年6月に一部改正されています。そのため、利用目的、安全管理措置、担当者の限定を確認しておく必要があります（出典：個人情報保護委員会、2025年6月改正）。
SaaSは、ベンダーの更新を利用しやすい一方で、独自開発では改修、影響確認、テスト、リリースの管理が別途必要になります。法改正対応と問い合わせ対応の費用は、見積書に明記してもらうのが安全です。
人事給与システム開発の進め方
人事給与システムは、画面を先に作ってから業務を合わせると失敗しやすい領域です。そのため、締め日、支払日、例外処理の扱いを先に整理し、過去データと承認者も決めてから設計へ進みます。
現状業務と要件の洗い出し
従業員登録から給与支払、会計連携、問い合わせ対応までを、業務フローとして一覧にします。
- 業務：従業員登録、入社、異動、休職、退職、勤怠締め、残業承認、給与、賞与
- 制度：就業規則、賃金規程、雇用区分、手当、締め日、支払日
- 連携：年末調整、振込、会計、税・社会保険、保存期間
担当者しか知らない例外処理も洗い出します。そのうえで、必須要件と希望要件をMUSTとWANTに分けます。
法令対応、給与支払、勤怠との整合、マイナンバー保護、会計・銀行連携は、必須になりやすい要件です。一方で、分析ダッシュボードや細かな画面変更は、第二段階に回せる場合があります。優先順位が曖昧なまま見積もると、会社ごとに前提が違う比較表になります。
Fit & Gapによる標準機能と個別開発の切り分け
SaaSやパッケージでは、業務要件を対応方法ごとに分類します。
- 標準機能：そのまま使う
- 設定・API：設定、API、アドオンで補う
- 個別対応：スクラッチ開発か運用変更で吸収
特別な計算式を埋め込むほど、初期費用と、法改正時の保守費が膨らみます。
標準化できない業務をExcelや手作業へ戻すと、二重入力や属人化が残ります。そこで、費用と運用負担を並べて比べ、残す差分と業務変更で吸収する差分を決めます。
移行・並行稼働・テストでの振込額の検証
開発後は、従業員マスタ、給与履歴、年末調整、税・社会保険履歴を移行します。
- 計算比較：旧システムと新システムで、同じ月の給与を計算した結果の照合
- テスト項目：基本給、残業、深夜、休日、欠勤、遡及、賞与の確認
- 税・控除：社会保険、所得税、住民税、控除、退職の確認
個人別・項目別に差異を突き合わせ、給与支払に間に合うよう並行稼働を計画します。
株式会社WACO HOLDINGSでは、関連会社9社、従業員400名を対象に、5か月で稼働した事例があります。出典はCOMIT HR導入事例（2024年掲載）で、SaaSと導入支援・アウトソーシングを組み合わせた事例です。
同じ期間でスクラッチ開発ができるという意味ではありません。標準機能、範囲、データ、受入体制が、この短期化の条件です。
人事給与システムのコストを抑えるポイント
費用を抑えるには、機能だけでなく追加開発と運用負担も減らす必要があります。ただし、初期費用だけを下げると、手作業、法改正、障害対応、教育の負担によって5年TCOが高くなる場合があります。
標準機能に合わせた段階導入
標準機能で効果が出やすい領域から始め、特殊な機能は第二段階へ回します。
- 第1段階：従業員マスタ、給与明細、入退社手続き、勤怠申請
- 第2段階：特殊な分析や評価連携
- 初期設計：将来のAPIとデータモデルを含める
給与の正確性と法令対応は削らず、給与支払、会計・銀行、セルフサービス、分析の順に優先します。
既存サービス・API・BPOの組み合わせ
既存サービスと追加開発を組み合わせれば、すべてを一から作らずに済む構成も選べます。
- 給与計算：SaaSの利用
- 勤怠：複雑な勤務は既存サービスを使う
- 定型業務：給与計算後の定型業務をBPOへ委託し、独自申請だけ追加開発する
freee人事労務は、人事労務アウトソースを月額95,000円から案内しており、50人分の利用料金を含む形です（出典：freee公式料金ページ、2026年確認）。
公開価格は比較の材料になりますが、対象業務や従業員数が違うため、自社の見積もりと同じものとしては扱えません。
契約前には、APIやCSV、エラー再送、データの正本、窓口、解約時の返却を確認しておきます。とくに、どこまでを誰が受け持つかが曖昧だと、障害の原因調査が長引き、運用費が高くなることもあります。
5年TCOと補助金の別々の確認
初期費用、利用料、導入支援、移行、連携の費用を、5年間で合計します。さらに、教育、並行稼働、保守の費用も含めて見ます。
- 継続費用：法改正、追加改修、社内工数も含める
- 補助対象：登録ITツールの購入費と導入関連費を確認する
- 対象外：自由なスクラッチ開発費を前提にしない
2026年の通常枠は、補助額が5万円〜150万円未満、または150万円〜450万円以下です。補助率は原則2分の1以内で、人事・給与・労務は対象プロセスに含まれます。
出典は中小企業基盤整備機構「デジタル化・AI導入補助金2026」通常枠公募要領です。公募時期、対象経費、賃上げ要件、申請方法は、最新の公募要領で確認します。
人事給与システムの見積もりを取る際のポイント
見積もりの精度を上げるには、各社へ同じ条件の資料を渡す必要があります。
RFPに書く業務・データ・連携の条件
RFPには、従業員数、5年後の人数、法人・拠点、雇用区分、締め日、支払日を書きます。
- 業務条件：勤務形態、手当、賞与、社会保険、年末調整
- 連携条件：給与明細、銀行、会計、勤怠、権限、マイナンバー
- 移行条件：現行システムと過去データの期間・件数・保存期間
必須と希望の機能、導入時期、並行稼働、受入担当、問い合わせ時間も、あわせて明らかにします。復旧目標、データ返却条件、未定部分の要件定義費用と期限は、別枠で見積もってもらいます。
複数社の同条件での比較
比較先は、スクラッチ、パッケージ支援、SaaS、BPOのどれを組み合わせるかで、会社を分けます。
- 実績：人事給与、複雑な就業・手当への対応
- 運用：移行、並行稼働、法改正、セキュリティ、保守
- 契約後：担当者体制、連携、解約時のデータ返却
見積書は工程ごとに出してもらい、要件定義からリリースまでの区切りで比べます。また、保守、追加改修、利用料、外部サービスも、別々に比べます。
請負契約は、準委任より1.3〜1.5倍程度高い傾向があるという整理もあります。契約条件によって変わるため、変更管理、成果物、検収、瑕疵対応まで確認します。
要件膨張とベンダーロックインへの備え
開発中に帳票や例外処理を追加すると、費用と納期が膨らみます。
- 変更管理：受付窓口、影響範囲、追加工数、承認者の決め方
- 範囲管理：必須の範囲と、将来候補の切り分け
- 引き渡し：データ、API、設計書、設定情報の条件を契約に入れる
本番データを扱うため、動作確認を急いでテストを省略しないことが大切です。データの所有者、標準形式での出力可否、契約終了時の支援範囲も記載しておきます。取り出し可能なデータは、監査、バックアップ、障害対応のどの場面でも必要になります。
人事給与システムのよくある質問
費用について寄せられることの多い質問を、順に取り上げます。
人事給与システムの開発費は最低いくらですか？
給与・勤怠に絞った小規模な刷新は、300万〜1,500万円程度が概算の目安です。
SaaSの初期設定、個別計算、移行、連携の範囲によって変わるため、最低価格は断定できません。そのため、利用料、導入支援、保守、社内工数を含む範囲を確認してください。
100名規模ならSaaSと受託開発のどちらが安いですか？
標準機能で運用できるか、独自要件が多いかによって、比べ方が変わります。100名規模では、次の条件を確認します。
- SaaS候補：標準的な給与・労務・勤怠で運用できる企業
- 公開料金：freee人事労務は月4万〜11万円程度。勤怠は月3万円程度を加算
- 受託開発候補：特殊な手当、複雑なシフト、複数法人、独自連携が多い企業
freeeの導入支援や移行費は別に見る必要があります。受託開発やパッケージ導入も含めて、5年TCOで比べます。
人事給与システムの開発期間はどのくらいですか？
スクラッチ開発とSaaS導入では期間の前提が異なるため、公開事例の条件も含めて確認します。
- 方式別の目安：スクラッチは6か月〜1年以上、SaaS導入や部分改修は数か月
- 公開事例：400名規模、関連会社9社で勤怠・給与・労務を5か月で稼働
- 変動要因：標準機能、対象範囲、データ準備、受入体制
給与支払日に合わせ、移行と並行稼働の期間も含めて計画します。
補助金で人事給与システムの開発費を全額まかなえますか？
全額をまかなえるとは限りません。補助金を使う場合も、対象範囲と自社負担を確認します。
- 補助率：原則2分の1以内
- 対象費用：登録ITツールのソフトウェア購入費・導入関連費
- 対象外の可能性：自由なスクラッチ開発費の全額
対象ツール、申請時期、対象経費、企業要件を確認したうえで、補助金なしの予算も用意しておきます。
まとめ
小規模な刷新は300万〜1,500万円程度、標準的な統合刷新は1,500万〜4,000万円程度です。金額は、従業員数、法人・拠点、勤務形態、手当で変わります。加えて、連携、移行、保守の前提でも変わります。
5年TCOで見る費用
SaaSの公開料金は利用料を考える材料であり、開発費とは別です。そのうえで、初期設定、移行、API、教育、並行稼働、保守の費用を合計します。さらに、法改正、追加改修、社内工数も含めて見ます。
補助金を使う場合も、対象範囲と条件を確認し、不採択時の予算を考えておきます。
業務とデータの整理と、相見積もりの依頼
最初に現行業務とデータを整理し、MUST・WANT、移行範囲、連携先、セキュリティ、導入時期を、要件概要にまとめます。
- 複数社へ同じ条件で相談し、標準機能と個別開発の範囲を比べます。
- 給与支払と個人情報を支える基盤として、運用条件を確かめます。
- 計算検証、法改正、障害復旧、将来のデータ持ち出しまで含めて構成を選びます。
複数社の提案を比べると、自社に合った費用と進め方を判断しやすくなります。
▼全体ガイドの記事
・人事給与システム開発の完全ガイド
▼RFP作成前に読みたい無料ホワイトペーパー
・業務システム開発の完全ガイドブック
・スクラッチシステム開発の完全ガイドブック
・【2026年最新版】AI駆動開発の完全ガイドブック
会社紹介
株式会社riplaでは、お客様の事業・ユーザー・業務に最適化したオーダーメイド型システムを、構想策定・要件定義から開発・改善まで一気通貫で支援。事業会社でIT・DXを経験したプロフェッショナルによる高い要件定義力・システム設計力を活かし、事業成果の最大化に伴走します。
また、当社独自の開発テンプレート「Boxシリーズ」による標準機能の高速開発と、AI駆動開発の独自フレームワーク「GoDD」による独自機能のAI実装を組み合わせることで、低コスト・短期間で開発を実現いたします。
もし、システム開発やプロダクト開発に関するご要望がございましたら、お気軽にお問い合わせください。
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株式会社ripla 代表取締役CEOとして、システムパッケージ活用、システム開発、データ分析、生成AI活用、SaaS開発、アプリ開発、EC構築など、幅広い領域で企業のDX推進と事業成長を支援している。事業会社でIT・DXを経験したプロフェッショナルが集う株式会社riplaにおいて、お客様の事業・ユーザー・業務に最適化したオーダーメイド型システムを構想策定・要件定義から開発・改善まで一気通貫で支援し、単なるシステム納品にとどまらず、クライアントと同じ目線で事業成果の最大化に向けた伴走支援を行う。早稲田大学卒業後、ラクスル株式会社、LINEヤフー株式会社にて事業開発やDX推進などに従事した後、株式会社riplaを創業。